(1)咽鼓管咽口受压阻塞，如腺样体肥大、肥厚性鼻炎、鼻咽部肿瘤或淋巴组织增生，鼻咽部填塞物时间过长等，均可直接堵塞咽鼓管咽口，影响咽鼓管咽口的开放。这是引起分泌性中耳炎的主要原因。
(2)头颈部放射治疗后因鼻咽部及咽鼓管粘膜肿胀，以及局部静脉及淋巴回流障碍，致使管腔狭窄，亦可导致分泌性中耳炎，这也是引起分泌性中耳炎的一个原因。
(3)支配小儿咽鼓管开闭的肌肉如腭帆张肌收缩无力，影响了咽鼓管的开放功能;加之小儿咽鼓管的软骨弹性差，当鼓室处于负压时，咽鼓管软骨段的管壁易发生塌陷。此为小儿分泌性中耳炎发病率高的解剖生理学基础之一。
(4)分泌性中耳炎常继发于上呼吸道感染，故可认为本病可能与细菌或病毒感染有关。
(5)变态反应可引起咽鼓管粘膜的水肿，导致咽鼓管阻塞，造成中耳负压，引起渗出或分泌机能亢进。
(6)急性中耳炎时抗生素使用不当，如剂量不足，疗程不够，或细菌对药物有抗药性等，使炎症迁延不愈。此外，单纯依赖抗生素而忽视了鼓膜切开亦为产生分泌性中耳炎的原因。
分泌性中耳炎的病理，主要是当咽鼓管功能不良时，外界空气不能进入中耳，中耳内原有的气体逐渐被吸收，腔内形成负压。
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