當同一集團下的兩家公司同時上市，關聯交易始終是繞不開的問題。
7月18日，據財新網報道，華大基因測序儀板塊擬分拆上市，測序儀業務的融資主體是深圳華大智造科技有限公司（下稱華大智造），此次華大智造估值330億元，計劃融資10億美元，或出讓20%的股權，計劃於2019年赴港上市。
在集團內部，華大智造主要負責測序儀的研發，界面新聞記者梳理股權結構發現，華大智造並非上市公司旗下板塊，雙方均為深圳市華大基因科技有限公司（下稱華大控股）控制，華大基因的實控人汪建通過層層股權設置持有華大智造85.3%的股權。目前華大控股持有華大基因37.18%股權。
Complete Genomics（下稱CG）是華大控股在2013年3月收購的美國測序儀生產商，收購完成後開發國產測序儀，華大智造於2016年推出BGISEQ-500基因測序平臺。
即，華大智造與華大基因屬於關聯方，屬於上下游關係。前者是上市公司的供應商，兩者有著不小的關聯交易：年報顯示，2017年華大基因向華大智造採購額為3億元，採購商品為測序儀組件和試劑，結算方式為“按協議結算”，是2017年的第一大供應商，佔年度採購額的34.18%。
上述採購額相比2016年大幅增加。招股書顯示，2016年華大基因向華大智造的採購額僅5668萬元，為2016年第三大供應商。在2017年之前，2014年-2016年三年的第一大供應商均為Illumina，是美國一傢俱有行業壟斷地位的生物科技上市公司，三年的採購額共5.33億元。
在上述高速增長的鉅額關聯交易之下，交易的定價是否公允、是否涉嫌利益輸送的問題值得關注。
進一步分析關聯交易的定價問題，招股書顯示，華大基因在2014年向CG公司採購了三臺測序儀，在2016年向華大智造採購了28臺BGISEQ-500和6臺DNB Loader，以成本加成方式定價：參考五家美國同行業生物技術公司平均毛利率62.5%，同時結合成本確定成本加成比例（企業一定百分比的利潤，影響著企業單位產品的定價）。
定價結果顯示，向CG公司採購和向華大智造採購的測序儀成本加成比例分別為166%和28%。此外並無具體定價信息。上述兩個成本加成比例差別較大，將導致定價差異巨大，但招股書中並未解釋具體原因。一位會計專業人士對界面新聞記者表示，根據上述信息無法判斷定價是否公允，信息嚴重披露不詳。
更關鍵的是，華大基因的招股書顯示，華大智造剛剛成立於2016年，註冊資本為一千萬美元，2016年度總資產為3.3億，淨利潤僅有95萬元。即上述5668萬元的採購額、28臺測序儀對華大智造來說，只產生了95萬元的淨利潤，假設上述採購額為華大智造2016年的營收總額，其淨利率僅為1.68%，如果華大智造有其他收入，這個數字還將更低。
此外，界面新聞記者根據華大基因在定價中選擇的參考標的，將其2016年淨利率為華大智造進行對比：其中毛利率為70.4%的Luminex Corporation的淨利率為5.1%，毛利率為52.6%的Agilent Technologies淨利率15.3%，毛利率為67.4%的Illumina的淨利率為17.85%，比華大智造的淨利率高出很多。
這意味著，華大基因和華大智造關聯交易的定價參考了美國上市公司的高毛利率，但華大智造賺到的錢卻少之又少，顯得十分可疑。上述財務人士表示，數據反差這麼大，說明華大智造技術並不突出，不排除其只是貿易中間商的可能。
目前華大智造的具體業績並無公開披露，其是否依賴上市公司或者雙方關聯交易產生盈利的疑問有待進一步觀察。
華大智造將赴港上市的消息也並未提振華大基因的股價，7月18日華大基因收於77.41元，跌幅6.71%。此前，華大基因頂著獨角獸的光環股價一路攀高，一度創下261.69元峰值，此後產生了重營銷、輕研發、業績平庸的質疑，股價持續下跌。由於“致癌門”和“舉報門”事件的影響，華大基因已經在7月16日和7月17日兩日跌停。
為穩定股價，華大基因在7月17日稱部分董事和高管計劃增持不低於3000萬元股份。值得注意的是，此前華大基因稱將增持不超過3000萬元，後更正為不低於3000萬元，這樣寬泛且無上限的增持計劃，一定程度上表明，公司高管對公司的前景並沒有充足的信心。
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