現實中，在市場上流通的土地使用權或其地上建築物，所涉及的地塊主要是通過出讓方式取得的，包括公開出讓和協議出讓。通過出讓方式獲得的土地使用權，受讓人往往已經繳清了土地出讓金，但這並不意味著今後都不會面臨補繳之事，相反，補繳土地出讓金是很常見的，主要的情形包括：
（一）變更出讓用地的用途或容積率
土地規劃條件（土地用途、容積率（或建築面積）等）是決定土地出讓金的關鍵要素，土地出讓合同通常會明確土地的規劃條件。土地使用權人在開發前或開發過程中若想改變土地規劃條件，需事先取得規劃部門批准並與土地管理部門簽訂土地出讓合同變更協議，相應調整土地出讓金。
（二）工業用地的配套行政辦公及生產、生活服務設施超標
在符合規劃、不改變用途的前提下，工業用地提高土地利用率和增加容積率的，不再增收出讓金。工業用地中配套行政辦公及生產、生活服務設施經批准超過項目總用地面積的7%或總建築面積的14%的，超過部分需補繳土地出讓金。
（三）調整配套設施建築面積
項目開發前或開發過程中，原土地出讓合同已計收出讓金的配套設施，現配套設施的建築面積發生調整，需調整出讓金；在原規劃批准建築面積的基礎上增加配套設施的建築面積，且該配套設施需無償移交的，增加建築面積部分無需計收出讓金。
（四）擴建、加增、改建、拆除重建或改變房屋用途
項目建成後，已辦理權屬登記的房屋經批准發生擴建、加建、改建、拆除重建或改變房屋用途的，需補繳土地出讓金。例如目前如火如荼的舊住宅經批准加建電梯，增加的建築面積部分在辦理權屬登記時按相應地段住宅用途基準地價的40%計收出讓金。
（五）地下空間確權時補繳土地出讓金
1993年1月1日之後取得國有建設用地使用權的地下空間在辦理房屋首次登記時須辦理土地出讓手續，需計收出讓金，但依法可劃撥、土地出讓合同約定免繳及2014年3月28日前已辦理權屬登記的除外。存在這種情況，主要是因為原出讓合同未計收地下空間的出讓金或約定緩繳。
（六）已簽訂土地出讓合同但未明確容積率（或建築面積）
目前我國規定，土地出讓合同必須明確土地用途、容積率（或建築面積）等規劃條件，這是決定土地開發條件的重要內容，也是確定出讓金的關鍵要素。然而，歷史上，廣州市的部分土地出讓合同並沒有明確土地的容積率（或建築面積），對於這類用地，需按整體開發或分期開發等不同情形，結合相應的標準確定已出讓建築面積，該部分建築面積視為已繳清出讓金，其餘建築面積應當補繳出讓金。
（七）未繳納出讓金或逾期繳納產生違約金
土地出讓合同通常會約定受讓人繳清土地出讓金的時間以及逾期繳款的違約金計算方式，但實踐中，受讓人至今未繳或逾期繳款產生違約金的情況是存在的。在不動產二手交易過程中，土地管理部門一般要求繳清土地出讓金才能辦理過戶登記手續，但交易合同通常籠統約定稅費由買受人承擔，如果對於出讓金的核查判斷有誤，很有可能增加買受人的風險。
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