现实中，在市场上流通的土地使用权或其地上建筑物，所涉及的地块主要是通过出让方式取得的，包括公开出让和协议出让。通过出让方式获得的土地使用权，受让人往往已经缴清了土地出让金，但这并不意味着今后都不会面临补缴之事，相反，补缴土地出让金是很常见的，主要的情形包括：
（一）变更出让用地的用途或容积率
土地规划条件（土地用途、容积率（或建筑面积）等）是决定土地出让金的关键要素，土地出让合同通常会明确土地的规划条件。土地使用权人在开发前或开发过程中若想改变土地规划条件，需事先取得规划部门批准并与土地管理部门签订土地出让合同变更协议，相应调整土地出让金。
（二）工业用地的配套行政办公及生产、生活服务设施超标
在符合规划、不改变用途的前提下，工业用地提高土地利用率和增加容积率的，不再增收出让金。工业用地中配套行政办公及生产、生活服务设施经批准超过项目总用地面积的7%或总建筑面积的14%的，超过部分需补缴土地出让金。
（三）调整配套设施建筑面积
项目开发前或开发过程中，原土地出让合同已计收出让金的配套设施，现配套设施的建筑面积发生调整，需调整出让金；在原规划批准建筑面积的基础上增加配套设施的建筑面积，且该配套设施需无偿移交的，增加建筑面积部分无需计收出让金。
（四）扩建、加增、改建、拆除重建或改变房屋用途
项目建成后，已办理权属登记的房屋经批准发生扩建、加建、改建、拆除重建或改变房屋用途的，需补缴土地出让金。例如目前如火如荼的旧住宅经批准加建电梯，增加的建筑面积部分在办理权属登记时按相应地段住宅用途基准地价的40%计收出让金。
（五）地下空间确权时补缴土地出让金
1993年1月1日之后取得国有建设用地使用权的地下空间在办理房屋首次登记时须办理土地出让手续，需计收出让金，但依法可划拨、土地出让合同约定免缴及2014年3月28日前已办理权属登记的除外。存在这种情况，主要是因为原出让合同未计收地下空间的出让金或约定缓缴。
（六）已签订土地出让合同但未明确容积率（或建筑面积）
目前我国规定，土地出让合同必须明确土地用途、容积率（或建筑面积）等规划条件，这是决定土地开发条件的重要内容，也是确定出让金的关键要素。然而，历史上，广州市的部分土地出让合同并没有明确土地的容积率（或建筑面积），对于这类用地，需按整体开发或分期开发等不同情形，结合相应的标准确定已出让建筑面积，该部分建筑面积视为已缴清出让金，其余建筑面积应当补缴出让金。
（七）未缴纳出让金或逾期缴纳产生违约金
土地出让合同通常会约定受让人缴清土地出让金的时间以及逾期缴款的违约金计算方式，但实践中，受让人至今未缴或逾期缴款产生违约金的情况是存在的。在不动产二手交易过程中，土地管理部门一般要求缴清土地出让金才能办理过户登记手续，但交易合同通常笼统约定税费由买受人承担，如果对于出让金的核查判断有误，很有可能增加买受人的风险。
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