公元1644年，吴三桂引清兵入关，助清朝平定天下，最终被封为平西王，镇守云南。但是清朝只是借助吴三桂等汉人军阀的实力来平定江南，在除台湾之外的南明政权被消灭以后，清王朝和吴三桂等汉人藩王的矛盾逐渐上升为当时社会的主要矛盾。康熙帝年少继位，智除鳌拜，掌握国家军政大权，但此时的云南等省都处于藩王的统治之下，有些地方更是只认王命，不识君令。年轻的康熙帝自然不会容忍这种事情的发生。
康熙
公元1673年，镇守广东的平南王尚可喜奏请回辽东养老，以子尚之信承袭王位。康熙帝随即下令裁撤三藩，迁移关外安置。平南王、靖南王的撤藩并无异议，但对于平西王吴三桂的撤藩却在朝堂上展开了争论。以索额图、图海为首的大臣不主张撤藩，而以明珠和莫洛为首的大臣则主张撤藩。康熙帝因吴三桂“所奏情词恳切”准许撤藩。在笔者看来，这只是康熙帝给自己找的一个借口，他本意既是撤藩，但毕竟年轻，没有考虑到现实的诸多因素。此时的吴三桂拥兵自重，三个藩王联结一体，再加上台湾郑经孤悬海外，沙俄和噶尔丹也虎视眈眈。可以说此时的清王朝四面楚歌。也有学者曾提出过，三藩是清王朝的大患，不除三藩不足以平四方，一旦朝廷势弱，三藩必起兵。不论如何，年轻的康熙帝依旧是逼得吴三桂起兵反清。
吴三桂
此时的吴三桂还在等着朝廷的挽留圣旨，万万没想到等来的居然是同意撤藩的圣旨，于是仓促间起兵反清，并打出了反清复明的旗号，不免让人感到可笑。但此时朱明政权还是在人民中有一些威望的，所以一些忠于明朝的志士纷纷来投效。康熙帝也完全没有做好吴三桂举兵反叛的准备，得知吴三桂反后，立即停止广东、福建的撤藩。但此时为时已晚。一场双方都没有准备的大战浩浩荡荡的展开了。
战争初期，由于吴三桂经常在云南与蛮族交战，所以军队战斗力得以保持，而清的八旗军此时已经有些颓败，再加上耿精忠、郑经、王辅臣等人的反清，使得康熙帝一时间节节败退。到1675年，清朝已经失去了对大部分汉族地区的控制。但此时吴三桂却犯了一个致命的错误，吴三桂没有听取下属快速进军击败清军的策略，而是企图割据一方，裂土称王。吴三桂的犹豫，给了康熙帝时间，康熙帝随即派出满族诸王镇压各地叛乱，并先后击败王辅臣、耿精忠、郑经等人的部队，吴三桂在军事上孤立了。战争形势急转直下，吴三桂此时却称帝建国，在军事不利之后，抛弃兴明旗帜的吴三桂在政治上也陷入了孤立。公元1678年，吴三桂病死在衡州，三年后战乱被康熙帝彻底平息。
这场始料未及的战争帮助康熙帝巩固了统治，提高了威望，为以后的文治武功奠定了基础，但也险些使得大清王朝覆灭。吴三桂在取得先机的情况下却昏招频出，最后给了年轻的康熙帝反攻的机会。
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