輕症手足口病患者和伴有無菌性腦膜炎患者可完全康復。伴有腦幹腦炎、急性弛緩性麻痺、肺水腫、肺出血、心肺功能衰竭併發症的重症患者可能會遺留肢體無力、肌肉萎縮、小腦功能障礙、神經發育遲緩、吞嚥困難等後遺症，極少數危重患者救治不及時可能出現死亡。
目前預防手足口病的疫苗只有針對腸道病毒71型（EV71）的單價疫苗，EV71疫苗是由我國自主研發，是目前全球唯一上市可用的疫苗。針對其他腸道病毒血清型的疫苗尚在研發中。
EV71疫苗能預防所有手足口病嗎？
目前上市的EV71疫苗可有效預防EV71相關手足口病和EV71感染引起的其他疾病（如皰疹性咽峽炎），但不能預防其他腸道病毒血清型（非EV71）引起的手足口病。EV71是導致手足口病重症和死亡病例的主要病原，該疫苗雖然不能預防所有手足口病，但將會顯著減少手足口病重症和死亡的發生。
為什麼EV71疫苗不能預防所有手足口病？
腸道病毒是引起手足口病的病原體。至少20多種A組腸道病毒血清型可引起手足口病，以腸道病毒71型（EV71）、柯薩奇病毒A16型（CV-A16）、柯薩奇病毒A6型（CV-A6）、柯薩奇病毒A10型（CV-A10）最為常見，其中重症和死亡多數由EV-A71感染所致。
因此，首先研製的預防疫苗是主要針對腸道病毒71型（EV71）的。
哪些人需要接種EV71疫苗？
EV71疫苗適齡兒童為6月齡-5歲兒童，鼓勵在12 月齡前完成接種程序，1歲及以上兒童越早接種越好。對於5歲以上兒童和成人，多數已通過自然感染獲得免疫，一般不再推薦接種EV71疫苗。
接種EV71疫苗後還可能得手足口病嗎？
兒童接種EV71疫苗後，再得EV71感染所致手足口病的幾率很低，但仍有可能出現因感染非EV71的其他腸道病毒血清型而患手足口病。
得過手足口病的適齡兒童是否需要接種EV71疫苗？
如既往手足口病是由EV71引起的，無需再接種EV71疫苗。如果所患手足口病是由其他腸道病毒血清型感染所致，或無病原學診斷結果，可以接種EV71疫苗。
注意，目前EV71疫苗還不是免費接種，需要家長自費、自願選擇接種。
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