一项大型的分析表明，在美国，抗逆转录病毒药物耐药率的上升不太可能影响未来一线治疗的有效性，而且很大程度上与最近抗逆转录病毒治疗失败的无关。这些研究发表在《临床传染病杂志》上。
由于耐药性病毒的日益流行，在诊断或开始治疗之前的耐药性测试是自2001年以来在美国大多数临床设置中的标准检测。
尽管研究报道耐药性的流行率有所增加，但关于基于整合酶抑制剂的新型治疗方案所传播的耐药性可能产生的影响，暂时缺乏。
北加州的凯萨医疗机构为约有25％的艾滋病病毒感染者在该州北部提供护理。在2003年至2015年间，在北加州凯萨医疗机构诊所接受治疗的4253名抗逆转录病毒治疗患者接受了基因型耐药性检测。
仅有不到14％的人感染了耐药性病毒。主要的传播途径是男性之间的性行为（60％）。最常见的耐药形式是非核苷逆转录酶抑制剂（NNRTIs）（占所有人的7.2％）和核苷逆转录酶抑制剂（NRTIs）（5.8％）。蛋白酶抑制剂的耐药率较低（3.2%），对多种药物的耐药率为1.9%。
每年测试的中位数为305人，趋势分析显示随着时间的推移，传播耐药性的发生率每年增加5％（比值比1.05,95％CI 1.03-108，p <0.0001）。研究期间，对NNRTI的耐药性增加了11％（OR 1.11,95％CI 1.08-1.15，p
<.001>最常见的耐药突变与依菲韦仑或奈韦拉平的高度耐药相关（348例）。在接受抗药性检测的全部人群中，略低于8％的患者对依非韦伦有一定程度的耐药性，5％的患者对利匹韦林有耐药性。
与NRTI治疗相关的耐药突变主要是胸腺嘧啶类似物突变，导致对齐多夫定的敏感性降低。整个队列中不到5％的患者有敏感性降低，2.8%与阿巴卡韦相关，2.2%与替诺福韦相关。与拉米夫定或恩曲他滨敏感性降低相关的M184V突变是极为罕见的。
蛋白酶抑制剂抗性突变的频率较低，并且与蛋白酶抑制剂不再在临床使用中压倒性地相关。整个队列中大约2%的人对阿扎那韦有一定程度的抵抗力，而对达罗那韦有0.3%的抵抗力。
没有对整合酶抑制剂的耐药性报道。
研究作者说，由于缺乏证据证明耐药性传播的人对新药有广泛的抵抗力，这表明大多数抗药性毒株是由自身产生耐药性HIV毒株的人传播的。在已经服用抗逆转录病毒治疗的北加州凯萨医疗机构的人群中，只有14％的传播耐药性的病毒可与病毒序列相匹配。研究人员发现了许多具有相同耐药模式的未经治疗人群，其中包括一个集群，其中系统发育测序表明至少有七个单独的个体通过了含有L90M蛋白酶抑制剂抗性突变和Y181C NNRTI抗性突变的HIV。
英国的一项研究发现了类似的模式，而最近的一项瑞士研究发现耐药性并未影响治疗选择。
作者总结说：“美国治疗指南演变为包括整合酶抑制剂或[加强疗法]达鲁那韦作为一线治疗方案，意味着首选的一线方案在传播耐药的患者中高度活跃有效。
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