一項大型的分析表明，在美國，抗逆轉錄病毒藥物耐藥率的上升不太可能影響未來一線治療的有效性，而且很大程度上與最近抗逆轉錄病毒治療失敗的無關。這些研究發表在《臨床傳染病雜誌》上。
由於耐藥性病毒的日益流行，在診斷或開始治療之前的耐藥性測試是自2001年以來在美國大多數臨床設置中的標準檢測。
儘管研究報道耐藥性的流行率有所增加，但關於基於整合酶抑制劑的新型治療方案所傳播的耐藥性可能產生的影響，暫時缺乏。
北加州的凱薩醫療機構為約有25％的艾滋病病毒感染者在該州北部提供護理。在2003年至2015年間，在北加州凱薩醫療機構診所接受治療的4253名抗逆轉錄病毒治療患者接受了基因型耐藥性檢測。
僅有不到14％的人感染了耐藥性病毒。主要的傳播途徑是男性之間的性行為（60％）。最常見的耐藥形式是非核苷逆轉錄酶抑制劑（NNRTIs）（佔所有人的7.2％）和核苷逆轉錄酶抑制劑（NRTIs）（5.8％）。蛋白酶抑制劑的耐藥率較低（3.2%），對多種藥物的耐藥率為1.9%。
每年測試的中位數為305人，趨勢分析顯示隨著時間的推移，傳播耐藥性的發生率每年增加5％（比值比1.05,95％CI 1.03-108，p <0.0001）。研究期間，對NNRTI的耐藥性增加了11％（OR 1.11,95％CI 1.08-1.15，p
<.001>最常見的耐藥突變與依菲韋侖或奈韋拉平的高度耐藥相關（348例）。在接受抗藥性檢測的全部人群中，略低於8％的患者對依非韋倫有一定程度的耐藥性，5％的患者對利匹韋林有耐藥性。
與NRTI治療相關的耐藥突變主要是胸腺嘧啶類似物突變，導致對齊多夫定的敏感性降低。整個隊列中不到5％的患者有敏感性降低，2.8%與阿巴卡韋相關，2.2%與替諾福韋相關。與拉米夫定或恩曲他濱敏感性降低相關的M184V突變是極為罕見的。
蛋白酶抑制劑抗性突變的頻率較低，並且與蛋白酶抑制劑不再在臨床使用中壓倒性地相關。整個隊列中大約2%的人對阿扎那韋有一定程度的抵抗力，而對達羅那韋有0.3%的抵抗力。
沒有對整合酶抑制劑的耐藥性報道。
研究作者說，由於缺乏證據證明耐藥性傳播的人對新藥有廣泛的抵抗力，這表明大多數抗藥性毒株是由自身產生耐藥性HIV毒株的人傳播的。在已經服用抗逆轉錄病毒治療的北加州凱薩醫療機構的人群中，只有14％的傳播耐藥性的病毒可與病毒序列相匹配。研究人員發現了許多具有相同耐藥模式的未經治療人群，其中包括一個集群，其中系統發育測序表明至少有七個單獨的個體通過了含有L90M蛋白酶抑制劑抗性突變和Y181C NNRTI抗性突變的HIV。
英國的一項研究發現了類似的模式，而最近的一項瑞士研究發現耐藥性並未影響治療選擇。
作者總結說：“美國治療指南演變為包括整合酶抑制劑或[加強療法]達魯那韋作為一線治療方案，意味著首選的一線方案在傳播耐藥的患者中高度活躍有效。
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