眾所周知，收復新疆成就了左宗棠的千古功名，但卻很少有人知道，左大帥連同湘軍在新疆的所有政治成果竟拱手讓給一位甘肅籍悍將，他就是甘軍首領董福祥。
董福祥本是一方豪強，陝甘叛亂之初，他曾奉命組織團練，但苦於官兵壓榨，被迫收集流民叛亂。到左宗棠揮師西進時，董福祥已聚集了數十萬之眾，成為西北最大的漢人義軍。
左宗棠在進軍之前就敏銳地意識到，湘軍皆為南人不習北方水土，不善馬隊騎戰，所以他曾說道：
“初意南人用之西北，本非所宜，只可多挑營官哨長之才，入秦後再將陝甘現存各營兵勇分別汰留，而勻撥膽技稍優棄勇充當親兵護哨，編列成營，以倡勇敢之氣”。
然而到了陝甘後，左宗棠卻發現西北原有軍隊腐敗冗雜，不堪任用，這才有了招降義軍的想法。左宗棠認為董福祥部皆為流民僅為“掠食自保”，並無堅定反清意志，於是命劉松山將其招降。
董福祥所部起於草莽之間，多年戰爭磨鍊讓他們的膽氣和謀略遠勝於一般將領，而且長期與回民義軍打交道，對其內部瞭若指掌，因而備受左宗棠的青睞。在湘軍先進兵制的加持下，董部猶如一支強心針注入西北戰局。
陝甘平定後，左宗棠又著手準備收復新疆。新疆地域遼闊，為了不打曠日持久的消耗戰，左宗棠制定了“緩進速戰”的戰略，即戰前做好充分準備，不要忙於進兵，一旦決定出擊就要速戰速決。
為此左宗棠吸收大量陝甘軍士進入湘軍馬隊。董部因此前作戰勇敢，因為被委以先鋒重任，收復了和闐和伊犁以外的新疆所有領土。
新疆收復後，湘軍因成軍日久，將士思歸，而又加之兵源難以為繼，左宗棠上書朝廷“換防之兵可由土著客民挑選。惟暫時客軍不宜逮撤。其久後思歸，缺額則以本地土著客民之壯健者補伍，久之自可化弱為強”。
左宗棠認新疆百姓不可入伍，甘肅之勇雖為客民，但兩地風土人情相近，易於紮根。從長遠來看，又能充實邊疆。所以在左宗棠和劉錦棠的大力保舉下，董福祥升任喀什噶爾提督。
甲午戰爭爆發後，朝廷為防備日軍進逼京師，從甘肅抽調馬步八營，交由在京述職的董福祥統領。然而清廷沒想到了的是，此舉導致甘肅兵力空虛，河湟地區又再次爆發了大規模起義。
在新疆和陝甘總督的連番催促下，朝廷命董福祥赴甘肅平亂。董福祥繼承了左宗棠“以回制回”的方針，大力扶植回將馬安良，非常順利地平定了叛亂。
這次事變不僅讓董福祥將勢力從新疆深入甘肅，從而繼承了湘軍在西北的所有政治成果，還讓馬安良等回民將領借平亂之機，篡奪了西北的宗教權利，為馬家軍日後的軍閥事業奠定了基礎。
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