马家军号称统治西北八十年，其实在很长一段时间内马姓诸将不过中下级军官而已，他们得以进入政坛高层还要从庚子事变说起。
八国联军进北京前，董福祥奉命率甘军进驻北京。马家军作为主力在正阳门与洋人血战，随后又一路护送慈溪太后西逃。马家军创始人马占鳌之子马安良因此被朝廷重用，马步芳的父亲马麒也从战前的哨官变成了循化营参将。
辛亥革命前，朝廷急令陕甘总督长庚，陕西巡抚升允组织部队，镇压革命党起事。马安良趁机将部队扩充为“西军精锐马步十四营、旗”。
马麒与马安良原本就是亲戚，他立刻率部响应。马安良自任精锐西军总统，马麒为帮统，配合各路甘军。他们先后在长武、乾州等地残酷镇压革命党，马麒因手段毒辣，人称“马骑虎”。
马安良平乱虽是节节胜利，但全国革命形势高涨，清廷灭亡的命运又岂是他们所能掌控的。1912年2月，清帝宣布退位。马家军诸将因提前得到消息，他们立刻调转枪头，宣布拥立共和。他们从血腥镇压革命党的刽子手摇身一变成了革命功臣。
清末民初，与马安良、马麒并称“回民三大户”的还有宁夏土皇帝马鸿逵的父亲马福祥。马安良组织精锐西军时，马福祥也组织了昭武军平乱，而且也及时地倒向了共和。
革命成功后，马安良因身兼教权与军权于一身，成为名副其实的“西北天子”。昭武军的马福祥也凭拥立之功，谋得了西宁镇总兵的职位，但他在赴任之时却到了马安良的阻挠。
马福祥明面上隶属于马家军，接受马安良的领导，但他们家族与马家军其他出身农民起义军的将领完全不同，因为马福祥和他二哥马福禄都是正经的武进士出身。为了牵制马家军，清廷和北洋政府始终刻意扶植马福祥，使得马家军内部关系一度非常紧张。
西宁镇是甘肃八镇之一，地理位置险要，马安良不愿看到马福祥做大，强行将其改任宁夏护军使。马麒垂涎西宁镇总兵位置已久，他一面求马安良向上保举，一面又请求甘肃临时都督赵维熙的学生赖恩培帮忙。
赖对他说：“自古大将建功于外者，必有内援。”马安良的保举只是明面上的文章，如果没有来自都督府里面的助力，恐怕难遂心愿。马麒听后连夜派胞弟马麟赴青海拉卜楞寺的借得金佛和黄金，共计200两。
马麒托人将金佛和黄金送给了赵维熙，同时又央求督府科长黎丹从中协助。赵维熙本就为马安良在兰州尾大不掉而苦恼，也乐得将其兵力分散开来。果然赵维熙收下金佛后，仅用了十几天的时间西宁镇总兵的任命就送到了马麒的手上。
自同治年间马步芳的爷爷马海宴随马占鳌起义起，马家用四十多年的时间才真正发迹。马麒在青海暗中积蓄力量，组建宁海军。通过一次又一次的政治投机，马麒终于将青海窃为己有。
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