玉米苗发紫通常认为玉米缺磷造成的，一方面当土壤中有效磷的含量低时，磷供应不足，引起玉米苗发红；另一方面是当玉米苗长出时，遇到低温或者浇水造成地温下降，对根系造成伤害，发育不良，影响吸收磷的能力。
玉米缺磷症状表现幼苗生长缓慢，矮缩，根系发育差，叶片不舒展，茎秆细弱；叶尖和尖缘呈紫红色，其余部分呈绿色或灰绿色，叶缘卷曲。孕穗至开花期缺磷，果穗分化发育不良，穗顶缢缩，甚至空穗，花丝也会延迟抽出，容易出现秃顶、缺粒与粒行不整齐、果穗弯曲等现象。
防止玉米缺磷，可在缺磷土壤（速效磷含量低于10毫克/公斤缺磷，10-20毫克/公斤为中度缺磷）增施农家肥或磷肥，折合每亩施五氧化二磷5-10公斤。农家肥、钙镁磷肥和磷矿粉可撒施，重过磷酸钙和磷酸二铵可条施。苗期易缺磷的地块，可用磷酸二铵等水溶性磷肥作种肥，折合每亩施五氧化二磷2-3公斤，在播种前条施于播种沟内，种子不能与肥料接触。缺磷引起的红苗，可叶面喷施 300倍液的磷酸二氢钾2-3次，每隔3-4天喷施1次。
在东北地区，玉米种植较早，在早春因“倒春寒”产生冷害，会造成玉米苗全株发红。此种情况，随着温度的升高，红苗现象会逐渐缓解。玉米是喜温作物，最适发芽湿度25~35℃。玉米苗期根系尚不发达，扎根浅，低温影响，根系吸磷向地上部分输送能力下降，叶片蛋白合成受阻，糖含量增加，形成了更多花青素，就会出现苗色发黄、下部叶片发紫发红。
少数杂交种的幼苗即使不缺磷也呈紫红色。还有个别杂交种就是在缺磷的情况下，幼苗也不表现紫红色症状。一般缺磷植株高度低于正常植株，这是判断杂交种玉米是否缺磷的重要指标。
正常苗颜色应该为绿色的玉米品种，幼苗颜色发紫，主要是因为体内糖代谢受阻，叶片中积累的糖分较多，并因此形成大量的花青素苷，使植株带紫色。
药害、虫害、栽培管理不当等不利于玉米苗生长、会使玉米苗体内糖代谢受阻的因素，都可能导致玉米苗颜色发紫，应查明原因，有针对性地采取救治措施。
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