玉米苗發紫通常認為玉米缺磷造成的，一方面當土壤中有效磷的含量低時，磷供應不足，引起玉米苗發紅；另一方面是當玉米苗長出時，遇到低溫或者澆水造成地溫下降，對根系造成傷害，發育不良，影響吸收磷的能力。
玉米缺磷症狀表現幼苗生長緩慢，矮縮，根系發育差，葉片不舒展，莖稈細弱；葉尖和尖緣呈紫紅色，其餘部分呈綠色或灰綠色，葉緣捲曲。孕穗至開花期缺磷，果穗分化發育不良，穗頂縊縮，甚至空穗，花絲也會延遲抽出，容易出現禿頂、缺粒與粒行不整齊、果穗彎曲等現象。
防止玉米缺磷，可在缺磷土壤（速效磷含量低於10毫克/公斤缺磷，10-20毫克/公斤為中度缺磷）增施農家肥或磷肥，摺合每畝施五氧化二磷5-10公斤。農家肥、鈣鎂磷肥和磷礦粉可撒施，重過磷酸鈣和磷酸二銨可條施。苗期易缺磷的地塊，可用磷酸二銨等水溶性磷肥作種肥，摺合每畝施五氧化二磷2-3公斤，在播種前條施於播種溝內，種子不能與肥料接觸。缺磷引起的紅苗，可葉面噴施 300倍液的磷酸二氫鉀2-3次，每隔3-4天噴施1次。
在東北地區，玉米種植較早，在早春因“倒春寒”產生冷害，會造成玉米苗全株發紅。此種情況，隨著溫度的升高，紅苗現象會逐漸緩解。玉米是喜溫作物，最適發芽溼度25~35℃。玉米苗期根系尚不發達，紮根淺，低溫影響，根系吸磷向地上部分輸送能力下降，葉片蛋白合成受阻，糖含量增加，形成了更多花青素，就會出現苗色發黃、下部葉片發紫發紅。
少數雜交種的幼苗即使不缺磷也呈紫紅色。還有個別雜交種就是在缺磷的情況下，幼苗也不表現紫紅色症狀。一般缺磷植株高度低於正常植株，這是判斷雜交種玉米是否缺磷的重要指標。
正常苗顏色應該為綠色的玉米品種，幼苗顏色發紫，主要是因為體內糖代謝受阻，葉片中積累的糖分較多，並因此形成大量的花青素苷，使植株帶紫色。
藥害、蟲害、栽培管理不當等不利於玉米苗生長、會使玉米苗體內糖代謝受阻的因素，都可能導致玉米苗顏色發紫，應查明原因，有針對性地採取救治措施。
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