1937年12月13号，南京城陷时，数以万计的难民纷纷涌入栖霞寺，希望寺院能够保全他们的生命。
而栖霞寺里本来有4个当家，可是战争暴发后跑了3个，只留下三当家寂然独撑大局，寂然主张一定要救难民，甚至还说，“我不入地狱谁入地狱”。 日本追兵很快包围了栖霞寺，情况变得很危险。这时，寂然带着他的徒弟月基跟日本人进行交涉。
为了阻止日军对栖霞寺的骚扰，寂然法师还书写抗议书，通过丹麦工程师辛德贝格转交给了约翰·拉贝先生，并翻译成英语递交给日本大使，控诉日本军人的罪行。
有一次一名日本兵喝醉了，闯进寺庙并对着楼上放枪，子弹穿过楼板，打死了躲在那里的一名小孩。群众很气愤，当场将日本兵打死。在日本人眼皮底下杀死日本士兵，这样一来便惹恼日本军.眼看这两万多难民就要被全部殉葬，寂然法师带上月基，到日寇司令部交涉，说这个士兵是摔死的，他用智慧圆了这个谎，最终保住了两万多人的性命。不过，寂然法师因积劳成疾，于1939年10月12日圆寂，后由弟子们葬于寺后中峰。
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