从古至今我国种植业就采用畜禽的粪便用来作为种植的肥料来使用。粪肥的有机质含量非常之高，是生态种植的极好肥料，几十年前粪肥处理都十分简单，那个时候农民家里养殖畜牧，没有人会在饲料中添加大量抗生素和重金属的添加剂，少量散养的畜禽产生不多的粪便也早就被再利用去肥田了。但随着规模养殖的兴起和发展，以及现代化畜牧业的不断发展，在过度追求经济效益的前提之下，这种状况，早已改变。
不进行发酵处理的粪肥具有以下危害：
一、烧根烧苗
使用发酵不彻底的鸡粪后，将手插入土壤，会感觉土壤温度较高。这是生粪在土壤中进行二次发酵。特别是在春夏季大棚内本来温度就高，生粪进行二次发酵就会产生大量热量，很容易导致烧根的现象；根系休眠前后，一旦烧根，将影响养分积累和来年开花结果。
二、造成土壤盐渍化
连年使用畜禽粪便，土壤中会存留大量的氯化钠盐，例如平均每6方鸡粪中含盐35公斤，每亩地含10公斤盐分就已经严重的制约土壤通透性和活性，固化磷肥、钾肥、钙镁锌铁硼锰等重要元素，出现植株生长异常，，果实不开个等减产现象，明显制约了作物产量和质量的提高。因此造成了肥料利用率直线下降，增加了投入成本一半以上。使用发酵不彻底鸡粪，极易造成植株萎蔫，黄枯，萎缩不长，无花无果，甚至死亡。病毒病，疫病，茎基腐病，根腐病，青枯病都是使用鸡粪最明显的后遗症。
三、滋生根结线虫
鸡粪是根结线虫的宿营地和温床，自身携带根结线虫卵的数量为每1000克100个，鸡粪中的线虫卵极易孵化，一夜之间倍增数万，土壤中的线虫在有鸡粪的地块发生率提高5倍以上。线虫对化学药剂有极为敏感的趋避性，施药后线虫会迅速转移到地下50公分-1.5米的深处躲避，所以很难根治。尤其对于3年以上老棚，根结线虫是最致命的隐患之一。
四、带入抗生素重金属
抗生素的危害
现在规模化畜禽养殖中，大量使用各种抗生素以提高饲料利用率和促进动物生长。抗生素使用后大约有70%是不能被吸收的，通常大部分以药物原形或其他代谢物随粪尿排出，造成动物粪便中抗生素的含量普遍较高。调查显示，目前蔬菜土壤中的典型抗生素类型主要有喹诺酮类、四环素类和磺胺类。
研究结果显示，含有四环素的有机肥对小白菜叶绿素含量及根系活力受到抑制作用，且与四环素浓度呈负相关。土霉素能够影响作物根系生理过程使其生长受到显著抑制，且随着土霉素浓度的增大叶绿素含量降低致使叶子呈现变黄的趋势。因此，鸡粪中若含有这些种类的抗生素，易引起蔬菜心叶发黄，生长不良，危害农产品安全！
●重金属的危害
目前集约化养殖使用各种饲料添加剂，添加剂中多含有铜、锌、铅等重金属元素，畜禽对微量元素的利用率通常较低，随粪尿排出体外。重金属含量随着鸡粪用量的增大而增加。
重金属含量过高对蔬菜生长有明显的抑制作用。当土壤中的铜、锌、铅浓度为50毫克/千克时，其对番茄根的伸长有不同程度的抑制作用，当铜、锌浓度达到400毫克/千克时，番茄根的伸长不再生长。当铅浓度达到2000毫克/千克时，番茄根的伸长受到严重抑制。
另外，铅很容易取代镁、锌，抑制与叶绿素合成有关的酶活性，影响叶绿素的合成，叶片中的叶绿素含量下降，出现蔬菜苗心叶发黄，苗子不长。
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