日本海军舰队在莱特湾海战中惨败，但岛上的陆军仍进行着顽强的作战。直到1945年1月1日，美军在极为艰苦的战斗中才迫使日军逐渐后退，莱特战役基本结束。还在莱特战役期间，美军就在民都洛岛登陆，以便取得进攻吕宋的基地。进攻吕宋的日期定为1945年1月9日，克鲁格指挥的第6集团军负责进行这个战役。艾奇伯格指挥的第8集团军接防莱特、萨马和民都洛，并准备肃清吕宋以南诸岛的日军。
澳大利亚第1集团军负责消灭新几内亚、新不列颠和布干维尔被孤立的日军，夺回婆罗洲（现名加里曼丹）及其丰富的油田。第6集团军计划在仁牙因湾登陆，占领中吕宋平原，拿下马尼拉。菲律宾的游击队要破坏吕宋南部的交通线。金凯德指挥的第7舰队定名为吕宋特混舰队，负责运输、掩护和支援登陆部队。哈尔西的第3舰队空袭台湾和吕宋北部的目标，进行战略支援。
日军方面，山下奉文的第14方面军在吕宋已增至25万人。岛上只有150架日本飞机，这时日本第1航空舰队司令大西泷次郎，利用青年愿意拼命的心理，倡导神风突击战术：飞机满载炸弹对准敌舰的甲板猛扎下去，撞得机毁人亡，引起敌舰大爆炸而将其摧毁。于是，日军中便出现一大批这种亡命徒式的“神风特攻机队”，使美国军舰遭到可怕的损失。10天之中共炸沉17艘美国舰艇，重伤20艘，轻伤30艘。但是山下失去海空军支持，孤立无援，很少有守住吕宋的希望。为阻挠吕宋落入美军手中，山下计划进行拖延战术。他把部队分为3组：尚武集团，在北部，14万人，防止盟军从仁牙因登陆；建武集团，在中部，3万人，保卫克拉克机场设施；振武集团，在南部，11万人，保卫南吕宋。
1945年1月9日，美国第6集团军的4个师在仁牙因湾登陆，31日占领克拉克机场及其要塞等设施。2月3日美军进抵马尼拉外围，但经过1个月的苦战，美军才肃清了菲律宾首都的敌军。日军败退时恼羞成怒，残杀了数以万计无辜的和平居民。此后，吕宋的日军退往东部山中，负隅顽抗。到1945年9月初，被困的日军纷纷向本岛的美军缴械投降。9月3日，在吕宋中北部山中苟延残喘的日本第14方面军司令官山下奉文大将和参谋长武滕章中将，在碧瑶向美军签署了投降书。菲律宾的日本侵略者彻底失败了。
1944年10月，美军在莱特登陆时，菲律宾人民抗日军为了配合盟军的攻势，对日军展开了大反攻，解放了许多地方。其中民抗军中的华侨抗日游击支队非常活跃，他们和菲律宾人并肩战斗，共同打击日本侵略者，用鲜血结成了战友情谊。1945年1月，人民抗日军在八打雁进行牵制战，使美军能在仁牙因湾出敌不意进行登陆。人民抗日军还切断了日军后方重要交通线，从而加速了日军在马尼拉周围基地防御线的瓦解。
1945年3月3日，美军完全占领马尼拉市，菲律宾自治政府也随之宣布恢复。菲律宾人民依靠自己的力量，通过武装斗争，付出巨大牺牲，为抗日战争的胜利作出了重大的贡献。二战后菲律宾人民争取民族独立的运动空前高涨，美国企图修改《泰丁麦克杜菲法》，延期宣布菲律宾独立的计划并没有成功。
1946年7月4日美国宣布菲律宾独立，同时，两国签订“总关系条约”和“贸易协定”（又称贝尔协定），美国保持在菲律宾的经济和政治方面享有特权地位。美国获得了在菲律宾驻军的权利，建立了克拉克空军基地和苏比克海军基地
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