日本海軍艦隊在萊特灣海戰中慘敗，但島上的陸軍仍進行著頑強的作戰。直到1945年1月1日，美軍在極為艱苦的戰鬥中才迫使日軍逐漸後退，萊特戰役基本結束。還在萊特戰役期間，美軍就在民都洛島登陸，以便取得進攻呂宋的基地。進攻呂宋的日期定為1945年1月9日，克魯格指揮的第6集團軍負責進行這個戰役。艾奇伯格指揮的第8集團軍接防萊特、薩馬和民都洛，並準備肅清呂宋以南諸島的日軍。
澳大利亞第1集團軍負責消滅新幾內亞、新不列顛和布干維爾被孤立的日軍，奪回婆羅洲（現名加里曼丹）及其豐富的油田。第6集團軍計劃在仁牙因灣登陸，佔領中呂宋平原，拿下馬尼拉。菲律賓的游擊隊要破壞呂宋南部的交通線。金凱德指揮的第7艦隊定名為呂宋特混艦隊，負責運輸、掩護和支援登陸部隊。哈爾西的第3艦隊空襲臺灣和呂宋北部的目標，進行戰略支援。
日軍方面，山下奉文的第14方面軍在呂宋已增至25萬人。島上只有150架日本飛機，這時日本第1航空艦隊司令大西瀧次郎，利用青年願意拼命的心理，倡導神風突擊戰術：飛機滿載炸彈對準敵艦的甲板猛紮下去，撞得機毀人亡，引起敵艦大爆炸而將其摧毀。於是，日軍中便出現一大批這種亡命徒式的“神風特攻機隊”，使美國軍艦遭到可怕的損失。10天之中共炸沉17艘美國艦艇，重傷20艘，輕傷30艘。但是山下失去海空軍支持，孤立無援，很少有守住呂宋的希望。為阻撓呂宋落入美軍手中，山下計劃進行拖延戰術。他把部隊分為3組：尚武集團，在北部，14萬人，防止盟軍從仁牙因登陸；建武集團，在中部，3萬人，保衛克拉克機場設施；振武集團，在南部，11萬人，保衛南呂宋。
1945年1月9日，美國第6集團軍的4個師在仁牙因灣登陸，31日佔領克拉克機場及其要塞等設施。2月3日美軍進抵馬尼拉外圍，但經過1個月的苦戰，美軍才肅清了菲律賓首都的敵軍。日軍敗退時惱羞成怒，殘殺了數以萬計無辜的和平居民。此後，呂宋的日軍退往東部山中，負隅頑抗。到1945年9月初，被困的日軍紛紛向本島的美軍繳械投降。9月3日，在呂宋中北部山中苟延殘喘的日本第14方面軍司令官山下奉文大將和參謀長武滕章中將，在碧瑤向美軍簽署了投降書。菲律賓的日本侵略者徹底失敗了。
1944年10月，美軍在萊特登陸時，菲律賓人民抗日軍為了配合盟軍的攻勢，對日軍展開了大反攻，解放了許多地方。其中民抗軍中的華僑抗日遊擊支隊非常活躍，他們和菲律賓人並肩戰鬥，共同打擊日本侵略者，用鮮血結成了戰友情誼。1945年1月，人民抗日軍在八打雁進行牽制戰，使美軍能在仁牙因灣出敵不意進行登陸。人民抗日軍還切斷了日軍後方重要交通線，從而加速了日軍在馬尼拉周圍基地防禦線的瓦解。
1945年3月3日，美軍完全佔領馬尼拉市，菲律賓自治政府也隨之宣佈恢復。菲律賓人民依靠自己的力量，通過武裝鬥爭，付出巨大犧牲，為抗日戰爭的勝利作出了重大的貢獻。二戰後菲律賓人民爭取民族獨立的運動空前高漲，美國企圖修改《泰丁麥克杜菲法》，延期宣佈菲律賓獨立的計劃並沒有成功。
1946年7月4日美國宣佈菲律賓獨立，同時，兩國簽訂“總關係條約”和“貿易協定”（又稱貝爾協定），美國保持在菲律賓的經濟和政治方面享有特權地位。美國獲得了在菲律賓駐軍的權利，建立了克拉克空軍基地和蘇比克海軍基地
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