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加州鲈种业发展面临6大挑战：
1 种质退化严重
当前，加州鲈种质退化的问题突出。部分养殖户在多批次卖鱼后，用卖剩下的鱼做亲本搞繁殖，长此以往，种质不断退化。随着养殖的深入发展，种质退化带来的影响越来越显著，主要表现为病害多，生产不稳定、生长速度减慢；达到上市规格的商品鱼养殖周期延长，从而影响到经济效益；性成熟年龄提前，性成熟个体体重变小；抗逆性下降，养殖过程中突发性事件增多等方面。
2 入行门槛低，行业标准缺失
目前虽然已有苗种管理相关的法律法规和制度，但生产许可管理基本还停留在形式上。当前加州鲈种业生产准入门槛仍较低，各地在核发苗种生产许可证时掌握的标准不一。由于缺乏必要的监管和约束，很多不正规的苗场也在生产加州鲈苗。
3 品牌苗稀缺，种质参差不齐
加州鲈苗场主要的生产经营还是以作坊式、家庭式为主，规模化生产程度不高，良种短缺。我国目前唯一一个通过全国水产原种和良种审定委员会审定的加州鲈良种是“优鲈1号”，为中国水产科学研究院珠江水产研究所白俊杰研究员所选育。部分大型苗户的鱼苗从小户零星收购后再集中出售，种质参差不齐，鱼苗的质量主要还是靠养殖户自己凭经验辨别。
4 资源投入相对不足，产权得不到保障
近年来，我国在种业研发投入总体呈上升趋势，但与发达国家相比，我国研发经费投入依然相对有限，满足不了良种培育的需要。目前良种选育研究部门较多，但研究力量相对分散。此外，经审定的良种缺少知识产权保护，仿冒苗层出不穷。
5 土塘育苗有风险，生产方式需改变
传统的土塘育苗成活率低，约10-20%。此外，土塘育苗还具有可控性差，供应不稳定，病害多发等缺点，苗种生产方式急需转型。目前部分苗企已经开始尝试、摸索工厂化育苗，工厂化育苗可控性强、喂料方便、成活率较高，可达40-50%，但成本相对来说比土塘高。
6 “育繁推”一体化龙头企业缺乏
目前加州鲈苗种生产企业数量多，但大部分苗种场规模小，基础设施和装备较为落后，研发能力薄弱，良种生产的保障能力和抵御自然、市场风险能力较差，产业中缺乏“育繁推”一体化的龙头企业。
