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加州鱸種業發展面臨6大挑戰：
1 種質退化嚴重
當前，加州鱸種質退化的問題突出。部分養殖戶在多批次賣魚後，用賣剩下的魚做親本搞繁殖，長此以往，種質不斷退化。隨著養殖的深入發展，種質退化帶來的影響越來越顯著，主要表現為病害多，生產不穩定、生長速度減慢；達到上市規格的商品魚養殖週期延長，從而影響到經濟效益；性成熟年齡提前，性成熟個體體重變小；抗逆性下降，養殖過程中突發性事件增多等方面。
2 入行門檻低，行業標準缺失
目前雖然已有苗種管理相關的法律法規和制度，但生產許可管理基本還停留在形式上。當前加州鱸種業生產准入門檻仍較低，各地在核發苗種生產許可證時掌握的標準不一。由於缺乏必要的監管和約束，很多不正規的苗場也在生產加州鱸苗。
3 品牌苗稀缺，種質參差不齊
加州鱸苗場主要的生產經營還是以作坊式、家庭式為主，規模化生產程度不高，良種短缺。我國目前唯一一個通過全國水產原種和良種審定委員會審定的加州鱸良種是“優鱸1號”，為中國水產科學研究院珠江水產研究所白俊傑研究員所選育。部分大型苗戶的魚苗從小戶零星收購後再集中出售，種質參差不齊，魚苗的質量主要還是靠養殖戶自己憑經驗辨別。
4 資源投入相對不足，產權得不到保障
近年來，我國在種業研發投入總體呈上升趨勢，但與發達國家相比，我國研發經費投入依然相對有限，滿足不了良種培育的需要。目前良種選育研究部門較多，但研究力量相對分散。此外，經審定的良種缺少知識產權保護，仿冒苗層出不窮。
5 土塘育苗有風險，生產方式需改變
傳統的土塘育苗成活率低，約10-20%。此外，土塘育苗還具有可控性差，供應不穩定，病害多發等缺點，苗種生產方式急需轉型。目前部分苗企已經開始嘗試、摸索工廠化育苗，工廠化育苗可控性強、喂料方便、成活率較高，可達40-50%，但成本相對來說比土塘高。
6 “育繁推”一體化龍頭企業缺乏
目前加州鱸苗種生產企業數量多，但大部分苗種場規模小，基礎設施和裝備較為落後，研發能力薄弱，良種生產的保障能力和抵禦自然、市場風險能力較差，產業中缺乏“育繁推”一體化的龍頭企業。
