黄强
有参基因组和无参基因组一般不会单独拿出来这样定义，应该是在做转录组测序的时候的区分，主要是涉及到两个后续分析的差异。
在RNA测序中，特别是转录组测序的时候，由于基因在DNA水平上包含有外显子和内含子，在转录为mRNA（信使RNA）的时候，成熟的信使RNA会将内含子的片段剪切掉，拼接为成熟mRNA。
所以假设我们直接进行转录组测序的时候，没有参考基因组DNA序列的时候，就只能检测到RNA不同样本之间表达量和序列之间的差异，并且要先做de novo组装，分析的难度会加大很多，准确度也会比有参考序列的测定差。
所以，我觉得可以这么来回答这个问题：
有参基因组是指已经通过基因测序，将物种的整个基因组的序列测序并形成参考序列的基因组。
无参基因组是指尚没有该物种的基因组的参考序列的基因组。
LichKings
基因组做过完全测序的叫做有参基因组，一般模式生物都是有参基因组，比如，人，小鼠，大鼠，斑马鱼，拟南芥等等。其他叫做无参，举例说，转录组测序后，如果是无参基因组，很难用RNA-seq的结果直接分析，因为没有已知的基因组数据作为依据，只能重新拼接，这样的方式一般称为de nova.
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