周顯助
雖然問題有點重口，不過可以明確地說大多數時候是儲存著的，甚至有時候還得運回到港口再吸走。比如英國的那位“吹哨者”公佈的英國戰略核潛艇返回港口時，廁所地板已經漫延著“汙水”，當然也不排除是英國水兵的無紀律的日常搞得廁所堵住了原因。
（俄戰略核潛艇廁所）
在現代潛艇中有專門存儲糞便廢水的汙物隔艙，潛艇上的所有馬桶和洗手池、生活廢水都會通向這個隔艙集中處理。潛艇作為大洋中的隱蔽殺手，十分講究隱蔽性，而潛艇排出的汙水糞便之類的會漂浮在海面進而暴露潛艇位置，因此潛艇對這些東西的排放有著十分嚴格的管控。廁所的使用與潛艇的操縱有著密切的聯繫，為此，條令中嚴格明確水下廁所的使用時機，比如，潛艇在上浮、下潛過程中禁止使用，以防止廁所使用中壓氣排汙時造成潛艇橫傾；在作戰區不能使用，防止排汙產生氣泡暴露身份。順帶不得不說一個事實：這些廢棄物的對環境的影響永遠是放在最後考慮的，對潛艇的影響才是放在最優先考慮的。
也正因為如此，潛艇廁所排棄物基本是會攢一段時間，在確保潛艇外部環境安全的情況下會通過高壓氣體統一排出，如果外界環境嚴峻的話甚至有可能到回港才會排出。好在潛艇的廁所馬桶是特殊設計的，所需的水較少因此也能儲存長時間產生的汙水。
（中國海軍退役後對外參觀的303潛艇水上廁所）
當然也不是所有時候都得這樣。除了潛艇會在安全時統一排出汙水外，潛艇還有一個設置在指揮塔圍殼的水上廁所，與之相反的就是設置在潛艇內部的水下廁所。水上廁所無需考慮隱蔽問題，糞便也無需收集起來，糞便是直接排放在潛艇外部甲板的，當潛艇下潛時直接就被海水沖走了。
潛艇上廁所都是這麼麻煩，處理糞便也是一件麻煩事。在這種鐵罐頭中操縱潛艇、訓練、生活可是一件十分之艱苦事情，所以就不要嘲笑人家艇員的偶爾休閒啦。
軍情解析
潛艇部隊的人體排洩物處理與吹除同潛艇供氧一樣，也是很有門道的學問。我們人體平均每日產生的糞便大約在500克左右，產生的尿液也有1000到1500毫升上下，也就是平均每人每天有2公斤的排洩物需要產生與儲存。現代常規潛艇/核動力潛艇一般編制在100到150人之間，每天需要回收300公斤左右的人體排洩物，在寸土寸金的潛艇艙室內，這顯然並不是一個小數目。
在核潛艇還沒有出現、人體排洩物回收技術也沒有成熟之前，普通柴電動力潛艇由於艇體狹窄、空間擁擠，對付人體排洩物往往是往大海中一排了事——儘管這個“一排了事”的程序非常複雜，按照我軍033級柴電動力潛艇水下廁所的使用規範，整套上廁所的程序至少有七八個動作，需要扳動六個閥門，做錯一個動作，就可能享受到“漫天飛翔”的待遇，這位倒黴鬼也會成為全支隊戰士一輩子的笑柄。所以在老式的柴電潛艇上，大部分戰士寧可憋一會兒也要等到潛艇上浮之後去使用位於指揮塔後部的水上廁所——可以吹著海風，看著落日“輕鬆”一番，比水下廁所好用多了。
在核潛艇出現及人體排洩物收集處理技術逐漸成熟以後，潛艇部隊上廁所就相對簡單的多了——真空集便式的馬桶（想具體瞭解的可以自行去和諧號動車組列車裡研究一番，那就是典型的真空集便式馬桶）可以用一升左右的水量迅速吹除人體排洩物，較大的艇內空間可以容納相當多的大小便，放置在收集箱內的淨化藥劑可以將糞便分解成為不佔空間、無汙染無害的乳狀物（跟客機上使用的東西類似，據說淨化之後的糞便外形跟酸奶一樣），全自動的海水沖刷洗消系統可以將集便箱沖刷的乾乾淨淨。因此，現代的潛艇部隊一般都將大小便儲存在潛艇內部，待到一定的時間或艇外敵情較為平穩時，只需要簡單的程序，即可將所有的大小便吹除完畢。
軍武次位面
上廁所這事在潛艇上是非常要命的，稍有不注意就會沉沒。
二戰中有一艘VIIC型潛艇U-1206就是因為馬桶堵住了，在修理馬桶的時候，開錯了閥門，德國潛艇的排洩管道和大海是想通的，閥門一弄錯，剎那間，海水立刻就順著管道衝進了廁所，進水止不住了。因為廁所建在蓄電池的上面，這海水帶著翔也毫不留情的衝進了蓄電池艙裡，蓄電池一接觸海水，瞬間釋放出大量高濃度的氯氣，潛艇因此沉沒。
潛艇的廁所分為兩個，一個水上廁所，就在艦橋，這個廁所只要有人拉出來，就一直堆高，糞便都不用處理，就堆在那兒，潛艇一下潛，水就湧過來，這些糞便自然就沒了。
潛艇的水下廁所操作就很複雜了，因為潛艇在水下，因為強大是水壓，馬桶的下水管肯定不能簡單的直通海里的。
在馬桶裡拉完大便之後，打開馬桶通糞箱的入口，然後打開通海閥門，用海水把糞便衝入糞箱，立刻關閉通海閥，再關閉馬桶的入口，打開糞箱通往潛艇舷外海水的出口蓋子，用力擰開高壓氣罐閥門，利用高壓氣體把糞便從糞箱內吹往艇外，再關閉糞箱。
這當然並不算完，因為水下幾十米深，壓力是好幾個大氣壓，而為了把糞便吹出去，所以糞箱就得有更大的氣壓，不然糞便和海水就會在水壓下倒灌進來。所以糞箱在關閉的時候就會有好幾個大氣壓的壓力。
所以下一個上廁所的人，就得先把糞箱的氣壓通過一個特殊的排氣閥排除，不然當你拉完起來打開通糞箱的入口的時候，糞箱裡的氣壓就會把糞便“砰”的一聲，炸的到處都是。
總之，糞便會排出潛艇，所以這個黃色漂浮物，吹除有特殊的高壓氣體噪聲，水面看得見氣泡，就容易被敵方反潛兵力發現，所以潛艇廁所，也是有很多限制的。
木榮雨北
我是軍事妹子，在軍艦尤其是潛艇上，上廁所可是個大學問。
核動力潛艇一旦出行就會在水下潛藏幾個月的時間，除了對水兵們有著極大的意志考驗之外，還有著極大地生活條件上面的問題，鋪位不夠、缺乏生活用水是是時常發生的問題。而且因為水下的水壓巨大，連上個廁所都很考驗科研人員的頭腦，因為在深海之下擁有巨大的水壓所以廁所的馬桶不可能直接通往大海，為了船員的健康考慮這些糞便也不會被儲藏在潛艇內部。可以說像在核動力潛艇裡面上廁所是一件非常複雜的事情。
核動力潛艇擁有兩個廁所，一個是在水面上航行的時候給水兵們使用的，因為在這種情況下只要你一下潛堆在艦橋外面的糞便就會被水流沖走，這樣一來也不會影響水兵們的生活，但是一旦下潛之後這個廁所就不能使用了，因為在水下的時候馬桶的排水管不可能直接和大海連通，一旦連通大海巨大的水壓很有可能從這裡將潛艇撕得粉碎。
所以說需要兩層隔離裝置，一個隔離裝置隔離艙室和馬桶的糞便儲存裝置，另一個隔離糞便儲存裝置和大海，每一次只能打開一個隔離裝置。而且因為水壓很大的關係，儲藏裝置中的糞便很難獨立地被從潛艇內部排出，這個時候就需要一個“空氣炮”將儲藏裝置中的糞便噴出潛艇，但是這種空氣炮在使用的時候會伴隨著巨量的氣泡，很容易被水面的反潛單位發現，所以說潛艇排出糞便的時候一定是已經確認安全的時候。
軍事新觀察
我是薩沙，我來回答。
新兵上潛艇，第一件事就是學習上廁所。
潛艇的廁所和陸地不同，必須先關閉馬桶蓋，然後啟動加壓，將糞便壓出潛艇。
如果你忘了關閉馬桶蓋，那麼立馬被糞水噴一臉。
潛艇內部不具備洗浴條件，最多也就是用一次性洗浴包擦一遍，不能徹底除臭。隨後幾個月，你渾身就是大便的味道了。
潛艇上廁所流程很複雜，大概是這樣：
首先，打開馬桶和大便箱的閥門。
其次，打開海水閥，將馬桶的大便衝入大便箱內。
然後，關閉馬桶蓋（切記）
再然後，打開大便箱通向潛艇外的閥門
最後，按動壓力按鈕，將大便箱內的糞便通過壓力衝入大海。
這也就是一次上廁所的過程了。
上完以後，關閉大便箱和馬桶的閥門，掀開馬桶蓋。
薩沙
潛艇兵看著很高大上，實際上潛艇作戰環境特殊，水下百米壓力巨大，缺少空氣，生存環境是非常惡劣的。而核潛艇出行幾個月，顯然會考慮到官兵生活的方方面面。以前在潛艇上去廁所方便顯然是一件非常痛苦的事，但隨著國家工業發展不斷強大，潛艇上的生活的得到了極大地改善。就是在現在也是一件相對於岸上來說非常不舒服的事情。
在潛艇上去廁所方便有固定的地方，空間非常狹小不是很方便，但有廁所總比沒有強。潛艇每天都會產生大量的生活垃圾包括糞便，處理方法大同小異。據外媒報道，美國在潛艇上設立有專門負責處理垃圾和廢物人員，按照垃圾的類型進行分類處理，一些對自然環境沒有危害的，如糞便、食物殘渣，腐爛水果蔬菜等用機器打碎。從專門通道排到海里。一些對自然環境有害的當然就要回收進行壓縮存放，上岸後在進行處理，以免破壞環境
當然在潛艇上攜帶的東西非常講究，既要盡及可能的保障官兵生活工作，還要儘量等有利於環境。
顯然排洩的糞便對潛艇來說是很好處理，難的是潛艇的空氣非常不好，空氣不能向在陸地上一樣流通，在狹窄封閉的潛艇中，適應艇內高溫高溼的環境不易。甚至在克服與世隔絕的封閉環境給心理造成的影響更難，潛艇兵只有及時調整在遠航中出現的煩躁、抑鬱等不良情緒，才能確保精準無誤地完成各項作戰任務。樂觀、合群、性格堅韌是潛艇兵的必備素質，多疑敏感、情緒不穩當不了潛艇兵。 
頭號軍事
正如題主所料是的。
在現代潛艇中有專門存儲糞便廢水的汙物隔艙。潛艇上的所有馬桶和洗手池、生活廢水都會通向這個隔艙集中處理。
而且在通向隔艙的管路都是單向閥門的。
一般的來說潛艇的廢棄物隔艙會定時進行清理。清理的方法基本上就是潛艇在特定的水壓區域（深度）打開隔艙通向大海的閥門通過海水的反覆沖刷而將隔艙內的汙物稀釋和衝散。
沖刷完畢後會關閉隔艙，抽出隔艙內的殘留海水，使隔艙成真空狀態。隨著汙物的不斷填滿就會反覆的進行沖刷和抽真空的操作。
一個典型的潛艇馬桶是帶有真空助力泵的，基本上可以用1.6升水就可以將馬桶沖刷乾淨。因此一個潛艇的汙物隔艙可以存儲艇上近百人幾周的排洩物。幾周的時間裡面總是能找到時間安全的將艙內物丟棄到大海里面的。
被大家津津樂道的德國潛艇u-1206艇內噴翔的事情是因為當年的潛艇都很小，無法做汙物隔艙，馬桶直接接到艇外所致。現在沒有這個問題了。
軍武數據庫
潛艇上的垃圾處理系統主要包括以下幾類垃圾的處理。
第一：可儲存的垃圾。比如像破舊衣物、罐子等等此類的垃圾廢物。潛艇上專門會設置有一個廢物存儲空間，平常一些不會影響環境和空氣的廢物會收納到這個空間裡，然後返航後帶回岸上處理。
第二：必須處理的垃圾。比如廚房的垃圾，這些是不能存儲的，必須馬上處理的。潛艇上有高壓拋投系統，通過高壓拋投的方式直接拋出船艙外。
第三：生活汙水。比如洗漱、糞便等等。這些汙水潛艇有一套獨特的汙水排出系統，你可以把這系統理解成一種特殊的汙水池，先講汙水排到一個特定的空間，然後封閉閥門，再將汙水排到大海中。
老秦來煮歷史百味
就和前面幾位網民提到的那樣，目前各國潛艇大部分採用的都是“深海高壓廁所”，利用氣閥將糞便排出到海水裡。不過還設備需要在特殊的深度才可以使用，並進行一系列的複雜操作。二戰時期的那位德國艇長就因為錯信大意，成為千古笑談了。
操作複雜又危險的水下廁所
除此之外，還有一種特殊的廁所，讓潛艇官兵們喜愛無比。
目前潛艇基本上有水下和水下兩個廁所，水上廁所是艇員最喜歡用的，不僅可呼吸新鮮空氣，還能享受大海美好的景色。
潛艇兵最喜歡的水上廁所
想想看，在潛艇狹小的空間裡待上數十天後，能一邊享受著大海上波瀾壯闊的風景，一邊舒坦的方便，這對於日常生活枯燥無比的艇員們來說，可是難得的享受。
烽火硝煙
核潛艇和長規潛艇的廁所都是一樣的，在執行任務時，大便儲存器的大便不能隨便排出，不特殊的情況下都是到安全海域，才能排，一般都是在儲存器發效幾天後，不然有些成份的大便會漂到海面，暴露目標。
