Jackson203482293
阿笠博士（里面最先知道柯南身份的人，为缩小后的工藤新一制作了许多便捷的工具，并且多次帮助新一隐瞒身份，是新一的得力伙伴）
工藤有希子和工藤优作（新一的父母，在第44集，江户川柯南诱拐事件中得知新一的身份，有希子世界上一流的女演员，工藤优作是世界一流的小说家，这两人最大的乐趣就是捉弄变小后的新一了）
服部平次（在第93集福尔摩斯迷杀人事件中知道了新一的身份，经常新一一起携手推理）
怪盗基德（我也不知道他是什么时候发现的，都是柯南的强劲对手，在于新一的一次次较劲中磨出火花，被称为柯基夫妇）
宫野明美（灰原哀的姐姐，出场于第135集黑暗组织10亿元抢劫事件，抢劫后却被琴酒反杀，临死之前告诉新一组织的事情，新一在她临死之前也告诉了她他真实的身份。）
灰原哀（本名宫野志保，代号雪莉，黑暗组织数一数二的科学家，因姐姐被组织杀死，而心生不满，决心背叛组织，吃下和新一同样的药，变成小孩子，住在阿笠博士家。出场于136集黑暗组织来的女子。）
羽田秀吉（世良真纯的另一个哥哥，在嫌疑人是京极真吗中世良发给第二个哥哥的信息中可以看出。）
贝尔摩德（黑暗组织的一个成员，精通易容术，是英国一流的女演员，头脑和枪法都是一流的，登场于190集与黑暗组织再度重逢，因为伦敦事件而新一和小兰当做珍宝。）
赤井秀一（在工藤优作的未解决事件中知道了新一的身份，是FBI中的精英，也是柯南最得力的伙伴之一。）
世良真纯与梅尔丽（似乎早已知道柯南的身份，两个人都是顶尖的高手，分别是赤井秀一的妹妹与母亲，与新一在十年前就已认识。）
本堂瑛佑（CIA，潜入那个组织的卧底伊森本堂与水无玲奈的儿子和弟弟，对小兰很有好感，在卡拉ok包厢的秘密中知道了新一的身份）
爱尔兰（黑暗组织的一员，为了报复琴酒而揭穿工藤新一的身份，但被琴酒杀死，登场于漆黑的追踪者。）
鲁邦三世与峰不二子
还有一个就是伟大且富有智慧的本大人了（画面太美无法显示，请自行想象）
另外还有一些可能猜出但不明确的人，在此就不列出来了，我想应该就是这么多了。（另外在贝克街的亡灵中出场的人工智能电脑弘树也知道。）
再插一句，这么多人都知道新一的秘密了，而且他朝夕相处的小兰竟然还没猜出来，真心捉急。
黑衣组织的沙福林
1、阿笠博士
在工藤新一被灌药之后，自己跑到阿笠博士家并告知自己的身份，才能很好的隐藏自己的身份，在开头第一集里就有过介绍，这个是大家都知道的。
2、工藤夫妇
工藤新一的爸妈也是知道的，而且还是在阿笠博士的帮助下捉弄了柯南一回。
3、服部平次
在《外交官杀人事件》中，服部平次由于昏迷时间短暂，大致听完了柯南的推理，自然就怀疑起他的身份，柯南无奈只能把真相告诉服部平次，并在后面的故事中多次帮助柯南摆脱身份危机，谁让大家都长着同样一张脸。
4、宫野明美
在宫野明美临死之际柯南自己坦露自己的身份，不过明美已死，也不担心会泄露出去。但问题就是柯南完全不担心周围有黑衣组织的人或者明美身上装有窃听器。
5、灰原哀
作为APTX4869的制作人，现在又住在阿笠博士家里，自然是知道一点的。
6、贝尔摩德
贝尔摩德虽然没有明说知道柯南身份，但从原作中对柯南的态度以及在国外被小兰救过的画面来看，应该是知道的，不然不会对柯南和小兰那么放纵。
7、本堂瑛佑
靠自己的推理得知，又设计让柯南承认，所以他是知道的。
8、赤金秀一
从两人的合作过程赤井秀一就有考虑过柯南的身份，在伪装成冲矢昴的时候也听到过柯南用工藤新一的身份给小兰打电话，所以他也知道的人之一。
9、领域外的妹妹和世良真纯
从原作中细节可以看错她们对柯南的采取的试探，应该会是知道柯南身份的人之一，但目前的证据还不足说明。
泡面菌
阿笠博士：新一变小后第一时间告知。
灰原哀（宫野志保）：变小之前已经怀疑新一没有死，并且去到新一家调查，变小后由阿笠博士告知。
服部平次：发现柯南和新一之间的疑点后，逼柯南承认。
工藤优作，工藤有希子：由阿笠博士告知。
怪盗基德（黑羽快斗）：剧场版里由柯南直接告知，不过之前已经怀疑了他的身份。
贝尔摩德：通过假扮新出医生在小兰的学校里调查得知。
宫野明美：死之前由柯南告知。
本堂瑛佑：对柯南说起要跟小兰表白后被柯南直接拒绝并且告知真实身份。
泽田弘树：在和柯南一起玩的“茧”的信息里得知。
爱尔兰：通过指纹对比得知，但并没有上报组织。
还有的就是处于怀疑状态的，之后会继续补充
蓝色生日70847619
这个嘛！首先就是新一代父母，他俩都知道！还有就是阿笠博士！其次是新一的死党，服部平次！还有跟新一一样变小的灰原哀！还有就是黑暗组织一员的苦艾酒！还有就是新一的对手，怪盗基德！应该就这么多吧！
