早在2001年希腊刚刚加入欧元区时，危机就已潜伏。当时，根据规定，欧洲经济货币同盟成员国必须符合两个关键标准，即预算赤字不能超过国内生产总值的3%、负债率低于国内生产总值的60%。
为达到加入欧元区的标准，美国高盛投资银行设计出一套“特殊的”方案，为希腊政府掩饰了一笔高达10亿欧元的公共债务，从而使希腊在账面上符合标准。
事实上，最近的统计数据显示，希腊当时真正的财政赤字已占到GDP的5.2%。政府财政的入不敷出状况在经济危机中扩大。为刺激经济，希腊政府进一步扩大开支，到了2009年，希腊的财政赤字已占到国家GDP的13%。希腊政府花钱太大方分析认为，希腊政府在一些领域无节制地大手大脚，加重了其赤字状况，尤其在公共领域和政府投资项目上。
比如，希腊政府的公务员40多岁就可以退休，如果不幸去世，公务员的女儿又恰巧独身（未婚或离婚），他们的退休金可由女儿接着领。仅此一项，据估计每年花费就高达7000万美元。
再比如希腊政府投资兴建的国家航空公司奥林匹克航空，因亏损严重不得不在2008年被私有化。国防开支也是一大笔。由于希腊与土耳其的紧张局势，希腊的军费开支占到了GDP的6%，远远高于欧盟其他国家。但是，军费开支中约80%的钱又都被用于行政开销。
此外，希腊国内腐败、低效率和大规模的逃税也被认为是造成其经济结构性缺陷的原因。非政府组织“透明国际”将希腊列为欧元区最腐败的国家，在很多情况下，税务审计人员收受贿赂助长了逃税。一名希腊商人尼克·格罗尼莫斯说：“希腊差不多有1100万公务员，有时候一份证明需要经过25个工作人员的审查。”
紧缩政策惹民众抗议另外，危机爆发之初，欧盟其他成员国就如何救助希腊迟迟难以达成一致也加剧了债务风险。希腊政府先后出台了四轮财政紧缩措施，包括削减公务员的奖金，禁止提前退休，提高退休的年龄，控制军费开支和增税。
然而，希腊政府的削减福利和增税的举措在国内激起了大规模抗议，在国际上也未能平息市场的担忧。投资者不愿意购买其政府债券，从而使得政府更难以获得偿还债务的资金支持。
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