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巴基斯坦獨立之後的很長一段時間，執行親西方的政策，是美國在中東南亞地區的盟友之一，參加了中央條約組織。20世紀60年代中巴接近並沒有影響巴美之間的友好關係，實際上，巴基斯坦曾經為20世紀70年代初的中美接觸提供了至關重要的幫助，基辛格訪華就是從巴基斯坦白沙瓦起飛的。如果巴美沒有特殊關係，這種事情顯然很難發生。
20世紀80年代美巴關係更加緊密，雙方合作支持阿富汗的抗蘇鬥爭，但也就是那段美巴的蜜月期為日後雙方的矛盾埋下了伏筆。雙方出於打擊蘇聯的需要，都大力扶持極端主義勢力。蘇聯解體後，巴基斯坦對美國的戰略價值下降，美國開始重視冷戰時期和蘇聯關係更加接近的印度。
“911”以後，在美國的巨大壓力下，巴基斯坦開始配合美國反恐戰爭。但這時期的美巴合作與上一次美巴在阿富汗的合作存在巨大差別，上一次反蘇，巴美利益一致、態度都很積極，投入力量也很大。而這一次，巴基斯坦是被迫支持美國的，雙方利益並不一致。美國給巴基斯坦提供的補償性援助很有限，巴基斯坦對美國的支持在國內也沒有群眾基礎，合作對雙方都是不情不願的。
隨著美國在阿富汗戰事逐步陷入僵局，美國對巴基斯坦的不滿日漸加深，一方面，美國懷疑巴基斯坦不但不真心反恐，甚至還背地支持極端分子，另一方面，美國也需要找一個替罪羊為自己在阿富汗的困境背鍋。這兩個原因是美巴之間的，地區層面的原因也有兩個，一是印度對美國的戰略價值上升，二是美國對巴基斯坦全天候夥伴的敵意增加。美巴矛盾主要是阿富汗問題造成的，又被美國地緣戰略的調整所激化。歸根結底，巴美矛盾是因為在美國看來，巴基斯坦已經沒用了，而且還可能有害。
葉海林
美國希望巴基斯坦投入美國的懷抱，不要與俄羅斯建立良好的關係。美國也希望通過打壓巴基斯坦來討好印度，讓印度成為美國在南亞的“代理人”。這是美國與巴基斯坦最大的矛盾。
1.巴基斯坦是一個軍政合一的國家，我們都會發現，往往巴基斯坦的總理和總統都具有軍人背景，而美國希望巴基斯坦實行民主，因此兩國的關係並不太好。美國希望巴基斯坦能夠投入到美國的懷抱，不希望巴基斯坦與俄羅斯和其他亞洲國家建立良好關係，這是美國與巴基斯坦最大的矛盾。美國幾十年來向巴基斯坦提供了幾十億美元的援助，可是這種援助都會附加一些政治條款。
2.美國總統特朗普上臺後，並沒有向阿富汗投入太大的軍事資源，導致阿富汗反恐形勢沒有得到任何進展。可是美國卻指責巴基斯坦包庇恐怖組織，允許恐怖組織在巴基斯坦境內活動，因此美國決定暫停向巴基斯坦提供2.55億美元的經濟援助。美國希望用這種藉口和方式來敲打巴基斯坦，讓巴基斯坦在內政、外交方面聽美國的指揮。但是令美國沒有想到的是，這次巴基斯坦突然硬氣起來，與美國一拍兩散，這讓美國感覺到很尷尬。
3.巴基斯坦與美國反目，讓特朗普非常不滿。因此特朗普加大了對印度的軍事武器出口，讓巴基斯坦感受到腹背受敵的壓力。美國還停止向巴基斯坦出口F-16戰鬥機，並且掐斷了對巴基斯坦的經濟援助，這讓巴基斯坦倒向了俄羅斯的懷抱。近期，俄羅斯指責美國未能在阿富汗大力打擊恐怖組織，這就是俄羅斯在聲援巴基斯坦。美國也希望通過打壓巴基斯坦來討好印度，因為美國想在南亞地區建立一個制衡俄羅斯的據點。未來美國和巴基斯坦的關係不會好轉，巴基斯坦面臨的國際壓力依然會很大，不排除美國肢解巴基斯坦的可能。
杜達特洛夫斯基
2011年5月31日，美國海豹突擊隊在本·拉登位於巴基斯坦的藏身之所鍾擊斃了他。這本是美國和巴基斯坦合作在反恐領域裡取得的重大成就，卻將巴基斯坦的扎爾達里政府感到備受壓力。
雖然巴基斯坦幫助了美國，但是拉登能在巴基斯坦藏身這麼多年，巴基斯坦政府是不是包庇了他或者故意視而不見，不禁令人生疑。美國和巴基斯坦政府都表示要徹查此事。
9.11事件以後，雖然美巴兩國出於各自的需要結成了反恐合作伙伴，但是兩國都並不十分信任對方。美國很多人覺得巴基斯坦對美國並不忠實，而且很有可能玩了兩面遊戲。美國時任國務卿和參謀長聯席會議主席穆勒曾公開批評巴基斯坦情報局暗中支持恐怖分子。巴基斯坦則認為美國曆史上曾多次背叛並損害巴基斯坦，無法讓人信任。
另外，美國在很多國際事務上支持印度。而印度是巴基斯坦的仇家，美國支持印度的行為也令巴基斯坦非常不爽。巴基斯坦認為，美國與巴基斯坦的合作只是反恐時期的權宜之計，美國隨時都會因為阿富汗形勢和反恐形式的變化而拋棄巴基斯坦。
巴基斯坦民眾也有強烈的反美情緒。美國駐拉合爾領事館工作人員槍殺兩名騎摩托車男子的事件以及美無人機炸死平民的事件都在巴基斯坦國內掀起多次反美示威浪潮。巴基斯坦雖然每年接受美國大量的經濟援助，民眾大多數還是對美國沒有好感。拉登的死更加劇了兩國之間的矛盾。巴政府認為這一行為侵犯了自己的主權，美國政府則譴責巴基斯坦政府藏匿恐怖分子。
