慶應三年(1867年)十月，將軍德川慶喜提出“奉還大政”的請求，十二月，在倒幕派的左右下，天皇下達了“王政復古的命令”。
一、維新動亂時期的報紙
慶應四年(1868年)一月，慶喜率會津、桑名二藩的兵，企圖從大阪攻入京都，但被薩摩、長州兩藩聯合軍擊敗。這就是歷史上有名的鳥羽、伏見之戰。戰爭中失敗的慶喜，偷偷逃出大阪，二月十日由海路回到江戶，幽居於上野的大慈院中。薩摩、長州兩藩指責慶喜有叛逆朝延之心，於是又揮兵向江戶進逼。鑑於這種情況，幕府的洋學者奮起發行各種報紙，宣傳說沒有理由把慶喜看成是朝廷的敵人。
慶應四年二月，《中外新聞》創刊，此後，僅僅數日之內，在江戶、橫濱便出現了許多種報紙。它們是《日日新聞》、《江湖新聞》、《遠近新聞》、《內外新聞》，《藻鹽草》、《公私雜報》、《此花新書》《海陸新聞》、《新聞事略》、《諷歌新聞》、《中外新聞外篇》、《微風》、《江城日誌》《市政日誌》《金川日誌》《外國新聞》、《東西新聞》等等。這些都是所謂佐幕派報紙。
作為對立面謳歌王政復古的尊王派也出版了報紙。同年二月，出版了《太政官日誌》它是新政府的官報，後在大阪出版了《各國新聞紙》、《內外新聞》，在京都出版了《都鄙新聞》。其中，最有勢力的是柳河春三的《中外新聞》，福地源郎的《江湖新聞》、渡部一郎的《中外新聞外篇》、辻理之助的《遠近新聞》、美國人溫立徳和岸田吟香合辦的《藻鹽草》等佐幕派報紙。
佐幕派報紙露骨地表現了對薩摩、長州兩藩的反感，採取擁護幕府的筆調，詳盡地報道了戰況，並傳播了幕府方面獲勝的流言。福地源一郎曾說：“有時甚至製造假戰報或者假政治情況加以刊載。”岸田吟香也講：“世人由於想了解戰況而讀報，但報紙根本不進行正確採訪，只是把傳聞原本照樣地寫出來，或者光報道官軍的勝利，這樣就會使江戶人民失望，因此，有時要寫官軍戰敗的情況。”從這些話裡可以窺見當時報紙之一斑。
與此相反，尊王派報紙稱幕府軍為賊兵、會賊等等，凡對幕府軍有利的消息，一概予以否認。維新內亂時期的報紙，分為尊王、佐幕兩派，成了敵對意識鬥爭的武器。這種情況，恰與法國革命初期的報紙相似。法國革命初期，出現了不少報紙，新聞報道大多是論戰性的，連消息也明顯帶有政治意圖。那些革命領導人，都是通過本黨報紙號召民眾的。維新內亂時期的報紙也是這樣，它們被當作發表政見的工具，用來對讀者進行宣傳。
當時，評價最高的報紙是《中外新聞》，它發行一千五百份。該報也在大阪發行，侵佔了尊王派報紙的地盤。這家報紙與其說支持已喪失統治權的幕府，不如說發表了自由的政治評論。特別因為佐幕派裡有不少熟悉外國情況的學者，所以有不少精彩的言論。例如神田孝平的《一致論》、平井元次郎的《富國強兵論》等，除了反對新政府的一面，還論及了新制度的創立問題，發揮了政論新聞的作用。也就是說，敗陣的封建勢力反過來又向新政府的封建性展開了進攻。
就這樣，日本報界迎來了最初的激烈論戰時代。但是，這次論戰時間很短，隨著江戶落入官軍之手，新政府反對派的佐幕派報紙，也遭到了禁止。
二、對佐幕派報紙的鎮壓
明治初期，新政府著手進行的第一項工作，就是鎮壓佐幕派報紙。對於以薩、長兩藩勢力為中心的新政府來說，當時的急迫任務是確立統一的政權，因此，壓制反對派的言論是很自然的。
首先，慶應四年(1868年)四月，《識歌新聞》的井上文雄、大神(草野)御牧被逮捕，五月，《江湖新聞》的福地源一郎也遭到同樣命運，報社印刷工具被沒收，報社被封閉。與此同時，政府對所有出版物全部採取“許可制”即不經許可，不得私自刊行。這樣一來佐幕派報紙幾乎全部被迫停刊，只有《藻鹽草》，因在外國人居留地(即租界之意，譯者注)發行，仍被保留著。這期間，還有《鎮臺日誌》、《鎮將府日誌》問世，這些報紙內容空泛，對政府沒有妨礙，因此獲准出版。
當時，報紙主要在江戶、橫濱、京都、大阪發行。慶應四年八月，在長崎出版了《崎陽雜報》。該報刊登長崎府供給的消息、政府公開發表的文告，以及從英文報紙上翻譯過來的文章等等。
新政府大體完成討幕事業以後，研究了外國報紙法，於明治二年二月二十八日，發佈了報紙印行條例，允許在政府統制之下發行報紙。可以說，這是日本最早的報紙法。
這個條例公佈之後，開成學校職員、舊幕臣柳河春三首先申請發行報紙。遂於三月七日創刊了《官准中外新聞》接著，《六合新聞》、《明治新聞》、《博問新》出版，《遠近新聞》、《內外新聞》復刊，《天理可樂怖》、《快訊》應運而生。這些報紙之中，《官准中外新聞》極力提倡“廢藩置縣”;強調議院制度的必要，引人注目。但是，這時報紙的一般傾向，從木戶孝允致植村正直的書簡可見一斑。書簡中說：
“傳播.無稽之談必將引起種種疑惑，疑惑一多，必將導致民心騷動，民心騷動，將引起天下動亂。為此，如有不甚明瞭之問題、難於判定之事項，應即向新聞局申報，以便弄清事實，求得正確宣傳”。
這說明，報道內容似乎使當局感到為難，報紙銷路也不好，因此，《官准中文新聞》、《藻鹽草》也於明治三年停刊，大部分報紙以短命告終。
三、政府保護報紙的政策
通過明治二年六月奉還藩藉，明治四年七月廢藩置縣，明治新政府在形式上大體確立了中央集權體制。但是，新政府當時首先必須著手解決的問題是，隨著舊體制被破壞和新體制的建立，必須徹底貫徹改革的宗旨。明治政府感到需要利用報紙發表公報、傳播知識，所以，開始資助報紙發行，對普及報紙採取了積極態度。
明治新政府修改了原來的報紙印行條例，於明治四年七月十九日，公佈了新的報紙條例。條例一開頭就說：“報紙應以傳播知識為目的，文字要力求平易近人，忌用奇文僻字”。從這裡，可見當時新政府保護報紙的用意。在新條例公佈前後，不少報紙相繼創刊，它們大都與新政府有某些關係。明治三年七月，大學南校(後為東大法學文學部)出版了《海外新聞》，十二月，在神奈川縣令井關盛艮的支持下，出版了《橫濱每日新聞》。
明治四年五月，參議木戶孝允發行了《新聞雜誌》，接著，於明治五年二月，以參議員大隈重信、江藤新平為後授，發行了《東京日日新聞》，自稱為左院(日本法令審議機關——譯者注)御用的《日新真事志》問世，六月，郵政部負責人前島密創刊了《郵便報知新聞》。此外，各地方在縣廳保護之下，也出現了不少報紙。如明治四年十月創刊的《京都新聞》、十二月廣島出版的《日注雜記》、明治五年三月開始發行的《大阪新聞》。這樣，由於日本中央和地方採取了保護報紙的態度，報紙很快重新發展起來。同時，政府寧願在經濟上做出犧牲，也積極支持報紙的發行工作。
據文獻記載，明治六年，日本小學就學率為28%，到明治十年，也只有39.88%，可想而知，文盲率是很高的。明治政府為了有效地擴大了報紙的影響，使報紙上的消息家喻戶曉。促進報紙與讀者相結合的作法是，設立了“報紙縱覽所”。明治五年十一月，三清縣在公共場所設立了“報紙縱覽所”備有《太政官日誌》等報紙，不論縣紳、士族和平民，只要屬本縣管轄，都可以自由地到所內閱覽。明治六年築摩縣令永山盛輝也設立了“報紙縱覽所”，新瀉縣的“報紙縱覽所”多達每區一個。通過新聞保護政策，開設報紙縱覽所這一辦法也迅速推廣到全國。縱觀書物發展史，它是與圖書館相結合逐漸發展起來的；同樣成長時期的報紙，它的發展也與“報紙縱覽所”有密切關係。
四、專門雜誌的出現
日本早期報紙和雜誌的區別不太明顯。既有題為“新聞雜誌”的報紙，也有名為新聞的雜誌，名稱和內容都很亂。然而，明治初期，終於出現了十幾種與現代雜誌相類似的專門雜誌。
明治元年，改元之後最先出版的雜誌，是大阪府的《明治月刊》。該刊與幕府末期發行的柳河春三的《西洋雜誌》相似，以介紹海外知識為目的。它的主要編輯人員是何禮之（原長崎漢文翻譯，後為開成所教授)。
該雜誌於明治二年五月停刊。明治二年，《新塾月志》、《俳諧新聞志》、《日講記聞》三雜誌出版，明治五年出版的雜誌有《教養新聞》、《教林新報》，明治六年有《評論新聞》、《海外雜誌》、《教院講錄》、《醫事雜誌》、《文部省雜誌》。早期雜誌的內容，除介紹海外新知識以外，多以宗教、醫學、教育為主。例如，《新塾月志》以介紹海外新聞為主，刊登了小幡篤次郎翻譯的關於牧牛、飼養綿羊的學說，以及安田次郎吉翻譯的關於英國頑兒院的文章，給國內實際工作部門介紹了大量有益的知識。
醫學雜誌方面有《日講記聞》、《醫事雜誌》。前者是日本國內最早的醫學雜誌，內容主要登載荷蘭醫生抱獨英在大阪醫學校的講課筆記，後者是以醫生為對象的西洋醫學雜誌。明治六年前後，是知識性雜誌的形成時期，當的雜誌尚未論及時事問題。與報紙的急速發展相比，日本的雜誌好不容易向前邁出了一步。