太平天国晚期，东南地区遭遇了大范围瘟疫，严重影响了双方的军事行动。瘟疫让清军何桂清集团的王友龄损失惨重、丢掉了浙江。瘟疫也造成了太平军减员严重，以至于有太平军灭于瘟疫的说法。瘟疫同样没有放过湘军，那么曾国藩“曾圣人”是如何应对的哪？
曾国藩的应对很“家书”，做到了说到做到，那就是“劝人以不服药为上策”，“治心以广大二字为药，治身以不药二字为药”，军医这事嘛“其书记、医匠或有或无，营官主之，其费公费取之”，让手下的将领们自己看着办。湘军作战的地域也是传统中医发达的地区，湘军在大部分时间内都能看长官的心意聘请医生。但是如果战事紧急，来不及聘请临时工医生，湘军将领就要各显神通了。湘军将领们都大多是落魄文人，也有一些医学知识，他们有时候就自己给部下开方子、让士兵像某省官员一样截留药材。
曾国荃是曾国藩的弟弟，也是最受曾国藩影响的人物，他在攻打南京最紧急的时刻就搜刮了南京周围所有地区县级市的药材。但这还是不够，他甚至派出军舰沿着长江走一路抢一路，把沿江所有药铺都祸害了一遍，西门大官人遇到了他的部下也要急得上吊。
湘军这种临时抱佛脚的措施，并没有取得很好的效果。曾国荃进攻南京时，共有五万人马，阵亡人数是八九千人，但是因为瘟疫死亡的的人数超过上万人。要不是南京城中也爆发了瘟疫（毒王很可能是洪秀全，因为天王最喜欢野味），曾国荃能否拿下南京都是一个问号。鲍超所部在安徽时就遭到从主将到士兵无人不病的情景，每个月鲍超军营中就要抬出上百具病亡的尸体。左宗棠也在进攻浙江时遭遇了瘟疫，毕竟他接手的就是王有龄留下的“瘟疫区”，左宗棠所部只有半数人可以出列。左宗棠福大命大造化也大，他在浙江时也染上了痢疾，但就是挺了过来，否则今天我们就很难吃到新疆的羊肉了。
为了减少瘟疫影响，湘军上下使出了各种土房子，鲍超等人就经常在军中举行画符、跳大神仪式。曾国荃在进攻南京时，还举行了驱傩仪式。湘军将领在瘟疫面前表现的并不是洪秀全好太多。
曾国藩的做派还影响了李鸿章，李鸿章就非常讨厌戈登的常胜军，因为常胜军中有单独的药房，淮军部下非常羡慕，经常跑到常胜军那里蹭医疗。李鸿章的淮军和湘军一样都主张给士兵足够的银子，让他们自己去买药找医生，至于大头兵们能否找到医生和药材，是不是传染瘟疫给平头百姓，李大人可不在乎。
曾国藩和家人写信时还一再要他们锻炼身体，不要迷信药材，似乎很简朴，但“买鹿茸一架，银百九十两，嫌其太贵”就一不小心漏了底。他的家人也不把曾国藩的教训太当回事儿，一度是长沙城内最大的人参买家。在曾国藩和家人吃着补品补充元气时，湘军将士却大量因瘟疫死亡，他们四处找药材的行为也传播了瘟疫。瘟疫加上战争中的杀戮让江浙、安徽一带人烟稀少，以至于太平军撤往各地时，曾国藩兴奋地说：“苏浙之田，多未耕种，群贼无所得食，贼居不耕之乡，犹鸟居无木之乡”，他们祸害地方十不存一，就自然不怕太平军开新基地。