明末三大疑案，按照发生顺序依次是梃击案，红丸案，移宫案。是由明朝万历年间的国本之争，也就是太子之争的后续事件。
这三大疑案中，梃击案，红丸案和明光宗朱常洛有关，梃击案发生在朱常洛任太子时，红丸案使朱常洛死亡，移宫案则发生在朱常洛的弟弟朱由校身上。
这三大疑案的发生，是明朝朝廷中皇权、东林党、阉党三方权力斗争的结果，朝廷党争达到了极致，吏治败坏到了极点，明朝急速衰败。
明神宗
01、万历年间的国本之争
"国本之争"，也就是"太子之争"。因中国古代有"太子，国之根本"的说法而来。
朱常洛是个很悲催的皇子，从小就不得父爱。经历太子之争、梃击案等事件，好不容易等明神宗死了，即位做了皇帝，随即便病死，在位不到30天，人称“一月天子”。
明神宗在去生母李太后的慈宁宫中探望母亲时，私幸宫女王氏，后来王氏有孕，神宗忌讳这件事情而不敢承认，但在内起居注中记载了这件事情，并有当时赏赐给王氏的实物为证，再加李太后盼孙心切，最后被迫承认这件事情。王氏生下一个男孩，这就是朱常洛。明神宗的长子。
不知是不是母亲是宫女的缘故，明神宗对朱常洛一直是冷遇和歧视。
明神宗嫔妃众多，最宠爱的是郑妃。郑氏生下一子，即朱常洵。
万历十五年开始，朝廷大臣们依明朝开国以来的祖训和封建礼制，建议明神宗立皇长子朱常洛为太子。然而明神宗不喜欢宫女所生的朱常洛，因宠爱郑贵妃，有意立郑贵妃的儿子朱常洵为太子，受到大臣与慈圣皇太后极力反对。
明光宗
明神宗和大臣们争执不下。大臣中也分成两派，大部分官员支持皇长子朱常洛。朝廷大臣以集体辞职向明神宗施加压力。甚至公然批评皇帝的隐私。
双方争吵了十五年。至万历三十年，明神宗才立朱常洛为太子，结束了太子之争。太子之争最后以明神宗让步而结束。
太子之争时，内阁首辅四人、部级官员十几人被迫去职。一百多位中央及地方官员被罢官、解职、发配充军。被罢黜的官员中，有位名叫顾宪成的官员，在一个名叫东林学社的地方聚众讲学，聚拢了许多被罢黜的官员，“东林党”成形。
国本之争对明朝政局产生了深远的影响，在皇权和臣权的斗争中，臣权得以惨胜。明神宗认为这是自己的家务事，应由自己乾纲独断，这不仅是对宠妃有所交代，还是皇权在握能够舒心施展的表现。
朝廷大臣则认为，这是国家根本的大事，应当遵循祖制和封建礼制。在他们心中，渴望像张居正那样施展权力，皇权应该受到限制。
册立太子的斗争，让明神宗心中恼怒，不再勤政，开始使用太监处理政务，对抗朝中大臣，朝中大臣分化两极，导致阉党形成。
朝中大臣发现了施压皇帝的办法是群体性力量，即抱团抗争，于是形成宣、昆、齐、楚、浙五党和东林党。这些群体在抗争皇权、阉党的同时也相互斗争。此时的东林党，还是好的，他们在维护正统的皇位继承原则，稳定统治秩序，制衡皇权以及弘扬官僚正气等方面发挥了极为重要的作用。
太子之争以朱常洛为太子结束了，但后来发生的明末三大疑案：梃击案，红丸案，移宫案。被认为是太子之争的延续。
02、梃击案
"梃击案"是太子朱常洛被刺杀的政治事件。因刺杀者手持的凶器是棍子，又称"梃"，所以称为"梃击案"。
万历四十三年，有个叫张差的人，手持木棒闯入太子的居所——慈庆宫，并打伤了守门太监。张差被审时，供出是郑贵妃手下太监庞保、刘成引进的。时人怀疑郑贵妃想谋杀太子，但皇帝不愿深究，最后以疯癫奸徒罪将张差处死。又在宫中密杀了庞保、刘成二太监，了结此案。
朱常洛是明神宗在朝廷大臣们的重压下才册立为太子的。在册立朱常洛为太子时，明神宗把郑贵妃所生的朱常洵封为福王。郑贵妃和福王一直没有放弃太子之位。
刺杀案发生后，刑部官员为了迎和皇帝，将此案定为"疯癫奸徒做的疯事"。朝廷中东林党官员禀持公正，查明是郑贵妃手下太监引进的，并且和郑贵妃的父亲有关。
朱常洛在明神宗的压力下，无奈地表示此案和郑贵妃没有关系。查明案情的东林党官员后被明神宗寻由罢官入狱。
梃击案背后主使是不是郑贵妃已无定论，也有人怀疑是太子自演自导的一出苦肉计，目的是借此陷害郑贵妃。而梃击案真相究竟如何，恐怕无人知晓了。梃击案遂成为晚明三大疑案之一。
冷酷之极的权力斗争
"梃击案"是皇室内部的权利斗争。也是朝廷大臣与后宫阉党的权力之争。是太子之争的延续，只不过由皇权和臣权的斗争，变为臣权和后宫阉党的斗争。它的结局是，朱常洛稳固了太子之位，以郑贵妃为首的外戚和阉党受到了压制，福王朱常洵无奈地去了藩地。
03、红丸案
"红丸案"，朱常洛生病后因服用红色"仙丹"，致使病情加重，不治身亡。
万历四十八年，明神宗死后，太子朱常洛继位。继位十天后，朱常洛生病，命太监崔文升诊治，服药后狂泻不止。朱常洛又命李可灼呈上"仙丹"，首辅劝阻不听。服用后病情加重而亡。
朱常洛服用的红丸，是自己要求李可灼呈上的，没有郑贵妃参与。况且朱常洛已登基，即便朱常洛没了，也是由朱常洛的儿子即位，没有郑贵妃的儿子什么事，郑贵妃没有理由谋害皇帝。
朱常洛即位一月即驾崩。朝廷中东林党人借机伐异。因太监崔文升曾是郑贵妃宫中太监，便将此案和"梃击案"联系起来。东林党人弹劾首辅大臣方以哲，认为他有谋害皇帝的嫌疑。深层原因却是方以哲和郑贵妃交好。
新即位的天启皇帝只是将首辅大臣方以哲贬职回乡，崔文升发遣南京，李可灼遣戍边疆。草草结案了事。
"红丸案"究竟是不是后宫阉党所为，没有定论。东林党人则借机对后宫阉党进行打击。
04、移宫案
"移宫案"是东林党人为主的朝廷大臣与后宫阉党的直接冲突。
明光宗朱常洛死后，立明熹宗朱由校为帝。明光宗宠妃李选侍想控制明熹宗朱由校，因此李选侍也居住在熹宗朱由校所在的乾清宫内。
冷酷之极的权力斗争
当时，郑贵妃、李选侍、魏忠贤来往密切。想利用熹宗朱由校年幼之机，控制朱由校，进而把持朝政大权。
朝中大臣东林党人杨涟、左光斗等，为了防止李选侍干预朝事，逼迫李选侍移到仁寿殿哕鸾宫。李选侍虽已“移宫”，但斗争并未结束。“移宫”数日，哕鸾宫失火，经奋力抢救，才将李选侍母女救出。哕鸾宫失火后，朝廷议论纷纷，流言四起。
是谁在哕鸾宫放火?为什么放火?目的是什么？成为疑案。此事件史称"移宫案"。
明末三大疑案中的中的许多疑点，迷雾重重。后世史界对此的解读也是众说纷纭。但能达成共识的是：自梃击案开始，明朝朝廷就成为权力的角逐场，没有道德节操，没有光明磊落，没有家国情怀。有的只是为达到目的的不择手段，只是对权力的极致追求。明朝自此开始急剧衰败。
明末三大疑案的影响
一、皇权失去应有的影响和地位
封建社会的固有权力格局是，皇权处于超然地位，担任的是仲裁者和掌舵者的角色。皇权俯视朝廷大臣之间的权力斗争，扶弱锄强，平衡权力。皇权选择支持有利于统治的人物和措施。
从“国本之争”到“三大案”的发生，万历低劣的政治能力和理政水平，使得皇权失去了超然地位，从仲裁者和掌舵者变成了直接权力斗争的参与者。万历面对朝中大臣的压力，采取拖延、躲避的消极应对，万历三十年不上朝就是这种心理的表现。朝中大臣看到皇帝的弱点，看到了群体性力量的好处，各种党派必然产生。
冷酷之极的权力斗争
二、党派的形成导致政治腐败
朝中大臣对张居正时期的权倾朝野，满满的羡慕嫉妒恨。朝中官员没有派系的庇护，就无法在朝廷中立足，更别提受到擢升和重用。在逼退皇权的同时，各党派开始权力斗争。对方党派提出的建议，支持与否取决于是否对己方党派有利，而不是判断它是不是对朝廷国家有利。
儒家思想中的忠心中正，家国情怀在此荡然无存。李自成攻破北京时、清兵攻城略地时，朝中大臣和东林党人的丑态表现的淋漓尽致，远不如皇族和太监们来的刚烈。
三、阉党的产生成为必然
天启皇帝比他的祖上万历的水平要高许多。他深知权力的精要在于制约和平衡。天启看到在面对皇权时的朝中大臣们，是不分党派团结一致的，于是他做出了重要的决定。扶持魏忠贤阉党的快速崛起，同时扩大锦衣卫和东、西厂，大兴特务政治。
阉党对朝中东林党起到了很大的制衡作用。朝中文官类似“三大案”中的肆意妄为再也没有发生。阉党和东林党人相互制约，相互监督，朝廷的政务走向正轨。
直到崇祯即位后，将阉党彻底铲除，朝中文官没有了制约，崇祯又没有能力控制朝廷，大明不可避免的走向灭亡。
冷酷之极的权力斗争
历史的脚步已经远去，现在探究“明末三大案”的谁是谁非已没有意义。但必须要在这个历史事件的影响中，提取对今天有益的部分。那就是公体为国，家国情怀。没有了国家，你是什么，什么都不是。