1368年，朱元璋在南京称帝，紧接着便派徐达北伐，最终攻克北京，元朝灭亡。但是元朝残余势力并没有被消灭，在明朝的两百多年间，蒙古势力一直伴随明朝始终。鞑靼和瓦剌便是蒙古残余势力的代表，可以说在明朝势力衰微时，这些蒙古人还可以长驱直入给明朝造成巨大损失。
按道理来说明朝在强盛之时，是有好多次机会消灭蒙古的，就以明成祖朱棣为例，他在位期间曾经先后五次远征蒙古，狠狠打击了蒙古的战斗力。但是，蒙古帝国就如打不死的小强，仅仅在朱棣远征25年后，又兴盛起来，不但侵扰明朝土地，甚至到了也先的时候还在土木堡俘虏皇帝明英宗，无数精兵强将在这次战斗中战死。在长期的大大小小的战争中，明朝都没有彻底征服蒙古。就这样，蒙古帝国国祚传到了第35任大汗林丹汗的手中，这也是蒙古最后一位大汗。
▲林丹汗
林丹汗继位时，北方大草原的蒙古汗权不振已经很久了，漠南的科尔沁、等诸部各自为政，蒙古大汗只能支配察哈尔部，在漠南诸部奉仅仅是名义上的共主。漠北的外喀尔喀部落更是直接不承认蒙古大汗为共主，而漠西的部落却与蒙古帝国为敌。处境可谓是非常凶险，另一方面，东北的女真族正在努尔哈赤的领导下逐渐走上统一与强盛之路。因此，林丹汗早年的处境非常艰难。但是，林丹汗很有野心，试图恢复蒙古的统一，重建成吉思汗的霸业。
于是林丹汗开始猥琐发育，先是在刚刚上位的10年中，迅速提高威望与实力，开始了统一蒙古部落步伐。不过，这个时候建州女真兴起，努尔哈赤直接挑战明王朝的权威，向大明这个庞然大物开战。
面对这种错综复杂的形势，林丹汗最好的方法是与明朝联手抗击努尔哈赤，这样才会有更多的机会征服疾病缠身多年的明朝，但是林丹汗犯了一个错误，那就是他认为“攘外必先安内”，可问题是当时哪有那么多的时间给他处理内部问题呢？
▲八旗军
谁也没想到，此时林丹汗居然被聪明的努尔哈赤挖了墙角，建州女真开始先后与一些蒙古部落通婚。林丹于是起了疑心，率军征讨科尔沁，导致蒙古内部战争开始。又因为是努尔哈赤挖的墙角，所以林丹汗也开始与努尔哈赤交战。
可是此时的林丹汗又犯了个错误，那就是两线作战，在1628年六月，他率队大举入侵大同，杀死明朝军民数万人，差点攻占大同城。
在这种情况下，林丹汗的做法反而促成了明朝和努尔哈赤的结盟，两边都决定夹击攻打他。在这种情况下，蒙古怎么可能禁得住两边的攻击，于是在1631年，林丹汗开始西迁。 努尔哈赤的儿子皇太极看准这个机会，决定发动对林丹汗的决战，林丹则一路向西狂奔，在向西逃亡的过程中，他的很多部众不断落队，都先后投降了。因为没有粮食，蒙古军队甚至出现了“杀人易食”的地步 ，在饥寒交迫，四面楚歌之中，林丹汗最终病逝了。1635年，林丹汗的遗孀们及儿子额哲投降，奉献传国玉玺，至此蒙古帝国才正式灭亡。
▲皇太极
明朝直至没有灭亡也没有征服的蒙古帝国，最后在皇太极的打击下正是灭亡。有人说，这是皇太极的运气好，其实不然，主要是林丹汗的政策屡屡犯错，这才给皇太极灭掉蒙古帝国的机会，当然明朝此时也没有能力再发动远征了，毕竟农民军和清军已经够头疼了，所以最终终结蒙古帝国的注定只有皇太极了。