台湾自古以来就是中国的领土。1624年，荷兰殖民主义者侵占了台湾西南海岸安平湾一带，修筑赤嵌城和台湾城(二城相距不远，都在今台南安平)。1626年，西班牙殖民主义者也侵占了我国台湾北部的鸡笼(今台湾基隆)和淡水，后经长达15年的争夺，荷兰人打败西班牙人，于1641年独占台湾。荷兰人强迫台湾人纳重税，还把台湾人卖到爪哇当奴隶。
郑成功少年时期就跟随他父亲到过台湾，亲眼看到台湾人民遭受的苦难，早就想收复台湾。这一回，他下决心赶走侵略军，就下命令要他的将士修造船只，收集粮草，准备渡海。
恰好在这时候，有一个在荷兰军队里当过翻译的何廷斌，赶到厦门见郑成功，劝郑成功收复台湾。他说，台湾人民受侵略军欺侮压迫，早就想反抗了。只要大军一到，一定能够把敌人赶走。何廷斌还送给郑成功一张台湾地图，把荷兰侵略军的军事布置都告诉了郑成功。郑成功有了这个可靠的情报，进攻台湾的信心就更足了。
公元1661年正月，收缩在厦门岛上一隅之地、正为全军前途犯愁的郑成功，忽然做了一个大胆的决定——出兵收复被荷兰人侵占了37年的台湾，收复这个他父亲的发家之地。四月，四百多艘郑军舰船到达鹿耳门海面，樯橹如林，风帆蔽日。
巧渡鹿耳门
从外海进入台江有两条航路：一条是大员港，叫南航道，在北线尾与一鲲（鱼+身）之间；一条是北航道，在北线尾与鹿耳门屿之间，即“鹿耳门航道”。南航道口宽水深，船容易驶入，但港口有敌舰防守，陆上有重炮瞰制，必须经过战斗才能通过。北航道水浅道窄，只能通过小舟，大船必须在涨潮时才能通过。
台湾城上的荷军原以为中国船队必从南航道驶入，忙于用大炮拦截，未料到郑成功却躲开了火力，船队从鹿耳门驶入台江，在大炮射程之外。荷兰侵略者面对浩浩荡荡的郑军船队，“骇为兵自天降”，顿时束手无策。郑军船队沿着预先测度好的港路鱼贯而人，切断了台湾城与赤嵌城荷军的联系，迅速于禾寮港登陆，并立即在台江沿岸建立起滩头阵地，准备从侧背进攻赤嵌城。在北线尾登陆的一支郑军，驻扎于鹿耳门，以牵制荷兰侵略军兵船，兼防北线尾。
台湾的汉族和高山族人民见祖国的大军到达，争先恐后地“出来迎接他们，用货车和其他工具帮助他们登陆”。南北路土社高山族群众闻讯接踵而至，表现了台湾人民热烈欢迎祖国军队收复台湾的爱国热情。正是由于台湾人民的大力支援，郑军不但顺利登陆，而且为分隔包围盘踞台湾的荷军创造了条件。
迫降赤嵌城
郑成功大军进驻赤嵌街(今台南赤嵌楼)。赤嵌城荷军只300人，只得困守。荷兰守将猫难实丁写信派人到台湾城(荷兰人名为热兰遮)去求援。荷兰总督揆一得信后，派战将拨鬼仔率鸟枪兵数百来援，被郑成功部将陈泽打败。击沉荷舰一艘，其余三艘受重伤狼狈逃至海外。郑成功水师控制了台湾海面并切断了两城间及其对外联系。四月初，赤嵌城投降。
围困台湾城
郑成功鉴于台湾城城池坚固，强攻一时难以得手，为了减少伤亡，进一步做好准备，决定采既“围困俟其自降”的方针。他一方面派遣提督马信率兵扎营台湾街围困荷军，一方面把各镇兵力分驻各地屯垦。同时，郑成功还到高山族人民聚居的四大社（新港、目加溜湾．肖垅、麻豆，均在今台南县）进行巡视，受到当地人民的热烈欢迎。
八月上旬，从爪哇来的荷军以战舰10艘来援。陈泽率水师迎击，将其击败。十二月下旬在长达八个月的围困中，荷军死1600多人，城内仅余600人，能战斗者仅300人。在粮断援绝，突围无望之绝境中，荷兰侵略者只得于1662年2月1日(顺治十八年十二月十三日)向郑成功投降。荷兰总督揆一及其残兵败将被逐出台湾。被荷兰殖民主义者侵占了38年之久的台湾回到祖国怀抱。
郑成功领有台湾之后，建立了台湾第一个汉人政权，也带来一波汉人移民潮。郑成功虽然在攻下台湾的同一年逝世，但继位的郑经与郑克塽持续统治台湾21年，并在陈永华的规划之下，引进中国明制的宫室、庙宇和各种典章制度，奠定了台湾在日后成为一个以汉民族文化为主的社会，而不仅仅是另一个海外华埠。因此有学者形容此役“决定台湾尔后四百年命运”。