蒙古与大明对峙期间，并不是全打的复国战，也就是说并不是以复国为目的的战争，他分为两个阶段，其一，北元打复国战的时期；其二，蒙古分裂内讧时期，某简单叙述。
北元复国战时期
自从元惠宗妥欢帖木儿被逐出北京城死在应昌后，他的太子爱猷识理达腊即位，在位的七八年间，一直都怀抱着反攻中原光复中国帝位的希望，并为之努力，但是令他失望的是，到死也没有复国成功，他的弟弟脱古思帖木儿即位后，继承了他的复国梦想，继续为之努力。
对于明国来说，从太祖太宗，对北元的残部都认真对待，从东、西、南三个方向包围和压制。设置泰宁、福余、朵颜三卫，切断北元左翼，隔断他与朝鲜、女真的联系；在青海西宁设置罕东、安定、阿端、曲先四卫，招抚西藏，在西域设置赤斤蒙古、沙洲、哈密等卫，切断右翼，隔断与西藏的联络；并在辽东设立建州、兀者等卫所；明军从中路出击，反复扫荡大漠南北。
随着洪武二十一年的捕鱼儿海、哈喇哈河战役，决定了北元的命运，从此，再也不能和明国对抗，复国战争再也打不响。
随着这次的惨败，脱古思帖木儿被也速迭儿袭击杀掉，忽必烈系后裔的黄金家族彻底丧失威信，大部分蒙古部落纷纷脱离他而自治，进入蒙古的内讧战国时代，自此，蒙古的汉文化因素彻底衰退，再没有年号和庙号的存在。
蒙古分裂内讧时期
这个时期的蒙古四分五裂，黄金家族沦为周天子的地位，群雄争霸，都想坐坐全蒙古合罕的宝座，甚至不惜向敌对国明国称臣纳贡取得支持，明国的皇帝对于这种状况很满意，因为知道这样会增加蒙古人的内部分裂。
1400年，弑君的鬼力赤被阿速部的酋长阿鲁台和斡亦剌部的酋长马合谋击败，阿鲁台和马合谋对于蒙古复国毫无兴趣，他们希望成为独立于蒙古部之外的部族，因此选择向明国朝贡，并得到明国的支持，斡亦剌趁机扩张到西蒙古，形成瓦剌；东部蒙古被称为鞑靼。
在明国的支持下，帮助新崛起的瓦剌去压制忽必烈的后裔们，扩张的胜利让瓦剌人想恢复成吉思汗的高贵经历，而明国也为之付出了一些苦果，直到也先的死去，黄金家族后裔的最后一次复辟在达延汗的手中实现，推翻了瓦剌的优势建立了东蒙古的霸权。
但是随着达延汗的死，他的儿孙们瓜分了部落，而且分的无比细致，成为联邦的形势，名义上的最高汗察哈尔汗只保留了名义上的领导权，已经彻底堕落成无组织的国家，直到被崛起的女真人降服。