政教之争是中古西欧政治史一个极重要的内容。封建社会时期，西欧世俗政权与教会是并存的两大政治力量，二者时而勾结、合作，时而冲突。封建制度确立之初，教会依附并支持世俗政权，１０世纪开始，教会的实力不断增强，借政治混乱的有利时机，教皇开始与世俗君主展开了争夺西欧最高统治权的斗争。各国君主为了实现中央集权，仍想把教会视为统治工具，“上帝之城”与“世俗之城”间因此展开了长期的政治冲突，这场斗争贯穿了封建社会的始终。其中，神圣罗马帝国与教廷之间的斗争持续时间最长，斗争也最激烈。
查理帝国解体后，神圣罗马帝国一直是西欧最强大的政治力量。从奥托一世开始，历任皇帝在扩张领土、对抗诸侯的同时，都采取与教会结盟并控制教会的政策。奥托一世时，赐给教会大片领地，安插亲信，控制了德意志境内主教和修道院院长的叙任权，同时赐给主教税收权、刑事权、司法权等“奥托特权”。这种结盟政策既巩固了政权，又取得了教会支持，教会也扩大了实力与影响。依照封建惯例，皇帝与境内的主教们建立了主从关系，对皇帝来说，教会成为国家机构的一个重要组成部分，主教是国家的官吏，为君主服务。为了报答皇帝赐予的采邑与特权，在同封建领主斗争中，主教们同意派遣军队协助国王。因此在德国，“主教作为王室军队的长官并不稀奇”，利用教会封建军队的支持，奥托一世打败了反叛的世俗诸侯，这与西欧其它国家有明显的不同。但帝国的权力是建立在控制教职委任权基础之上的，这种情况为后来争夺主教叙任权的斗争埋下了伏笔。
控制德意志教会后，为了巩固这种成果，皇帝想进一步控制驻节意大利的教皇，争夺意大利也就成为神圣罗马帝国的一贯方针。意大利经济上的富庶与政治的四分五裂，便利了德国封建主的入侵。１０世纪时，皇帝先后夺得意大利北部伦巴底和南部原拜占廷领地的统治权，亨利六世时又从诺曼人手中夺取了西西里，除教皇国外，整个意大利都臣服了。甚至欧洲的普洛旺斯、勃艮第、瑞士、奥地利、波希米亚、摩拉维亚、波兰都成为帝国领土的组成部分，如此庞大的领土无疑刺激了皇帝建立欧洲霸权的野心，也使教皇成为掌中的玩物。到１１世纪中叶时，神圣罗马帝国不仅控制了德意志教会，也左右了教皇，加强了皇室的威信与权势，帝国发展成西欧、南欧、中欧实力最强的一支政治力量。处于这个强邻包围中的教皇国则朝不保夕，岌岌可危。
西罗马帝国灭亡后，为了自身的生存和发展，基督教会也在不断寻求新的保护力量。从克洛维皈依基督教起，教会与法兰克人结成了联盟，双方互相勾结产生了教皇国，从此，教皇既是宗教领袖，又是世俗君主，权势与威望大增。９世纪初诞生的查理帝国似乎为教会提供了一个保护伞，但查理大帝仅仅把教皇当作他国土上的一位首席主教来对待，而不是作为一个独立的政权，因此，在查理曼强大的王权压力和“柔情拥抱”之下，教皇几乎陷于窒息的地步。查理大帝死后不久，他的帝国便告解体，西欧重新陷入动荡之中，教会也失去了靠山。从９世纪末起，教皇地位每况愈下，逐渐成为意大利贵族和罗马党派争夺权力斗争中的政治足球，１０世纪初，教皇的职任甚至长期被罗马贵族西奥菲拉克特及其两位声名狼籍的女儿所操纵，恰逢阿拉伯人、匈奴人对意大利不断骚扰，使教皇的威望降到了极点。为摆脱这种局面，９６２年，教皇又把“罗马人皇帝”的称号献给了实力强大的德意志君主以求保护，开始受控于神圣罗马帝国（以德意志为主）皇帝。从这一时期的教会发展史中，不难看出，由于自身力量尚未完全独立，教会和教皇一直依附于世俗政权并受世俗政权控制。
１０世纪中叶后，教会内部掀起了一场旨在改革教会腐败、加强教会组织纪律、反对世俗君主授任神职的克吕尼运动，才使教会的威信与教皇的声望有所恢复。尤其是改革中涌现出一批杰出的教会政治家，他们极力反对世俗封建主把持教会职务，鼓吹严守教规，要求调整教会与国家之间的关系，强调教权至上、教权高于王权。这对现存的政教关系是个极大的冲击，也引发了教会与神圣罗马帝国间争夺权力的斗争，这场斗争在１１世纪和１３世纪出现了两次高潮。教权与政权的争执主要集中于两点，一是关于主教叙任权问题，二是争夺西方最高统治权，围绕这两个问题，双方展开了长期的争论与斗争。主教叙任权，即高级神职人员由谁来任命。在封建制度下，神职包括教会和世俗两方面的权力，故神职人员的任命也就成为双方关注的敏感问题。这一问题的争论早已存在，直到１１世纪才由此引发出一场尖锐的冲突。
教会改革派认为，既然教会是由耶稣基督创立的，教会的主教及修道院长自然应由教会人士选举或任命，不该由俗人操纵。德国的实际情况却相反，君主不但任命主教，还授予主教权杖和精神统治的象征——戒指。神圣罗马帝国的君主们强调其做法与君士坦丁大帝及查理大帝并无区别，只是传统的延续，是合情合理的，教会不应对此提出异议。政教双方对此争执不休的主要原因是这一问题涉及到各自的经济和政治利益。据统计，德国掌握在教会手中的土地几乎达到总数的一半，比例之大，在其它国家是罕见的。一旦主教们解除了臣服和效忠世俗君主的义务，王室赖以生存的来自教会的收入与控制的地区就会大大减少，依赖教会的帝国行政管理制度也会相应削弱。所以，废除世俗授职权对神圣罗马帝国的威胁最大。德皇亨利四世认为教皇戈利哥里七世“践踏了传统，干涉了国家事务”，想把王权置于教皇权之下，因此对教会的主张进行坚决的抵制。
授职权之争的实质还是由谁来统一和治理欧洲。皇帝宣称君权神授，鼓吹上帝不仅赐给他们世俗统治权，同时还授予他们教会管理权，教皇的加冕表明了教会对这种权力的承认。所以，坚持政府在世俗事务中有绝对权威，只承认教会在精神事务上有绝对权威。这些观点自然不被教会改革家所接受，教皇戈利哥里七世认为政府必须听命于教会，教皇是上帝的代言人，“唯有教皇一人有权制定新法律，有权任命主教，一切君主应吻教皇的脚”，教皇甚至“有权利认可或否认人民在某种情况下选举的统治者”。要摆脱欧洲的政治分裂与混乱，唯一的出路就是政府放弃一部分权威，承认教皇为他们的共同宗主。双方各执己见，互不相让，结果在１０７６年，亨利七世屈服了，他赤足披毯，到意大利北部的卡诺莎城堡，向教皇请罪，求得了教皇的宽恕，保住了皇位，稳定了国内政局。直至１１２２年签订的沃姆斯宗教协定，规定主教和修道院院长的任命必须得到教皇和皇帝双方的认可，才达成了妥协，延续了几十年的政教之争暂告结束。教会虽然没有彻底制服君权，但至少也可以与皇帝平起平坐了，教俗的力量对比处于暂时的平衡状态。
此后，冲突并没停止，到１３世纪再一次出现了激化。这一时期的罗马教皇明显加快了与帝国政权斗争的步伐，斗争的目的是想进一步摆脱皇帝控制，建立一个以罗马为首的“世界教会帝国”。英诺森三世当选教皇后，不仅继承了教权至上论的衣钵，而且清楚地表达了他的野心。在就职演说中，英诺森三世宣称：“罗马教皇实际上不是普通的代理人，而是真正的上帝的代理人，教皇的职位看来是神圣的，它是万王之王，万主之主，主交给彼得治理的，不单是整个教会，而是整个世界。
卡诺莎事件后，神圣罗马帝国也在努力恢复１０世纪时对教廷的控制局面。红胡子腓特烈一世重新控制了主教的委任权，为进一步支配教皇和西欧基督教国家，他发动了六次对意大利的军事远征，然而均以失败告终。军事手段未奏效，他又企图用外交手段来箝制教皇。１１８６年，腓特烈通过儿子亨利的联姻关系获得了西西里和南意大利的全部统治权，控制了意大利的南北两端，形成了对教皇国的包围之势，这是权力欲极大的英诺森三世不愿承认的事实。为摆脱不利处境，英诺森又与神圣罗马帝国展开了持久的较量：先是利用意大利人的民族情绪，煽起驱逐德国势力的运动，在罗马涅、拉文那、斯保莱托、阿西西等地推翻了德国人的统治，把德国势力赶出了意大利北部和中部，并把这些地区置于教皇统治之下。英诺森还插手德国事务。亨利六世死后，围绕德国王冠归属问题出现了角逐，英诺森唆使霍亨斯陶芬家族的腓力普与威尔夫家族的奥托争斗，挑起了德国内战，坐收渔人之利。在内战期间，他派出了大批主教和神父，拿着一些所谓的丕平和查理大帝赠送的地区和城堡图，要求在这些地方兑现主权。在德国政局不稳、意大利出现无政府状态的情况下，英诺森趁机占领了意大利的梅迪纳奇、蒙杰韦利·奥、马革尔达的全部领地，教皇的触角甚至延伸到那不勒斯及亚平宁的富庶地区，最终确立了教皇国的疆土。英诺森还趁亨利六世之子腓特烈二世年幼之机，担任了西西里王的监护人和摄政，彻底摆脱了四面受困的尴尬处境。
英诺森在位的十八年间，左右了德国政局，排挤了德国在意大利的势力，还制服了欧洲许多国家君主，使教皇势力发展到中世纪的鼎盛时期。然而，被英诺森扶持的腓特烈二世成年后，既继承了神圣罗马帝国的帝位，也继承了帝国的教会政策，努力恢复其父亨利六世时皇帝所拥有的光荣与威严。腓特烈二世自幼在西西里长大，意大利秀美的自然风光使得他不愿意在德国居住，因为德国“城镇泥泞，窗户狭长，森林和城堡黑暗”，正是由于这一原因，他疏于对德国进行治理，甚至不会说德语，他的目标是在意大利先建立中央集权国家，进而恢复昔日罗马帝国，使罗马成为整个西方世界的政教首都。为达到这一目标，腓特烈对德国封建主采取放任态度而全力制服教皇。这一点又与教皇的独占意大利政策发生了尖锐的对立，教会因此把他列为最大的敌人，使用了包括开除教籍等各种手段，甚至发动十字军讨伐腓特烈，与之兵戎相见，引发了１３世纪教皇与德皇的最后一次斗争。
神圣罗马帝国与教会之间的斗争历时二百多年，双方虽偶有力量的消长，但最终结果却殊途同归。帝国直到１３世纪初时仍很强大，教会在１３世纪也达到了发展的顶峰阶段，但从１３世纪后半期起，帝国与教会都开始由盛转衰，斗争的结果是两败俱伤，没有最后的胜利者。意大利政策是神圣罗马帝国的一贯国策，每个皇帝都对意大利流露出统治野心。教皇虽说无心统一意大利，但出于自身利益的考虑，对意大利事务十分关注，反对任何以德国或意大利为中心实现统一的企图，防止身边出现强大的力量。由于教会始终不懈的反对和北意大利新兴城市力量的抵制，最终宣告了意大利政策的失败。自奥托一世到腓特烈二世，神圣罗马帝国皇帝从未真正控制过意大利，未设立具体的管理机构，仅仅满足于意大利权贵和主教们动摇不定的效忠，每任皇帝继位后都要重新确立对意大利的统治权，因而这种统治极不稳固。１０世纪时北意大利城市兴起后，各城市又成为反对德皇、争取自治的重要力量，它们组成联盟对抗入侵者，所以帝国在意大利的统治仅局限于对北部的遥控。在整个中世纪时期，尽管德皇冠以“罗马帝国皇帝”的称号，实际上所谓的神圣罗马帝国直到１９世纪初崩溃为止，基本上保持着德国的形象。
可以说，神圣罗马帝国的意大利政策收效甚微，然而不断的对意大利用兵以及同教皇的斗争却牵制了德皇大部分精力，放松了对国内的治理。为取得国内力量的支持，德皇不断赐予教俗封建主种种特权，导致了地方王公权力的膨胀与分离主义的加强。与教皇斗争的失利，更加削弱了德国王权。腓特烈二世死后，中世纪德国的强大已成为历史，尤其是１２５４年康拉德的去世，德国出现了被席勒称为“无主恐怖的时代”之大空位现象。这时的德国，没有公认的君主在位，为诸侯掠夺王室土地及乡村土地创造了有利条件，七位实力较强的教俗封建主还被授予选举国王权力，成为选帝侯。德国实际上没有国家存在，没有国会，没有一个城市成为国家利益的中心，也没有一种法律能通行全国，各地仍保持着各自的习惯法。在这种政治混乱的情况下，德国逐渐采取了联邦和不健全的君主选举政体，形成了德国自１４－１９世纪末立宪结构的政治特点。政教之争中帝国失败的悲剧，注定了德国６００年中不得统一，恢复昔日帝国的传统更无从谈起了。
教会在与世俗政权的斗争中，稳步地发展起自己的实力。卡诺莎事件是政教间第一次剧烈的冲突，沃姆斯协定划分了教俗双方的权限，教会从此在宗教事务上摆脱了世俗权力的控制，这对教会来说是一个关键性的胜利。表面上看来，从１１世纪的授职权之争、发动十字军讨伐伊斯兰教徒、到１３世纪政教间的大规模冲突及神圣罗马帝国的解体，每一事件都显示了教会力量的不断增强，提高了教皇的地位。不难看出，在教会胜利的外表遮盖下，实际上是教会威信的普遍下降和政治地位的日渐萎缩。
１１－１３世纪的教皇，如戈利哥里七世、英诺森三世、戈利哥里九世、英诺森四世等，毕生为实现教权至上论而深深卷入强权政治中难以自拔，这无疑削弱了他们在精神领域中的领导作用。戈利哥里七世与亨利四世的斗争，大大加强了对整个教会的中央集权统治，巩固了教皇的绝对权威。为此，枢机主教达米安称他是“神圣的魔鬼”。英诺森三世在使教会称雄西欧方面贡献最大，但时人对他的评语却贬多褒少，一个拜占廷人说他“不像是彼得的继承人，更像是君士坦丁的继位者”。甚至一些教会人士也抱怨他太像国王而不像神父，认为他难逃地狱之刑。教皇肩负的国际宗教事务使命，逐渐从属于地方的政治利益，因而教皇在欧洲基督徒心灵中的地位“缓慢地、几乎难以察觉地消失了”，这恐怕是热衷于政治斗争的教皇们所始料未及的。
发动十字军的指导思想是把欧洲人联合在宗教旗帜下，与非基督教徒斗争，同信仰异端的基督徒作战，这促进了欧洲精神上的统一，“上帝的士兵”们取得的战果也抬高了罗马教廷的威望。但在１３世纪，十字军的进攻对象发生了变化，一是进攻信奉同一宗教的拜占廷帝国都城君士坦丁堡，一是征讨曾由教皇亲自加冕成为皇帝的腓特烈二世及其继位者。教会宣称，曾高举十字标志解放巴勒斯坦的人，若参加对抗腓特烈二世，就能享受十字军的所有特权。这既为当时的教徒所不解，也降低了十字军的神圣意义和教皇的神圣性，这一切都导致了教会威望和权力的削弱。
１２５４年，神圣罗马帝国的霍亨斯陶芬王朝被教会倾覆了，威胁教会的德国君权消除了，但德国君权的削弱并不意味着教会从此便可高枕无忧了。此时，英法两国迅速崛起，加强了王权，尤其是法国，很快成为德国教会政策的继承者。１４世纪初，教皇权力受到了法王腓力四世的挑战并一败涂地，教廷也从罗马迁到法国南部的阿维尼翁达７０年，受制于法国王权。从这个意义上讲，长达２００多年的政教之争，德皇与教皇都被拖得精疲力竭，二者都从各自发展的巅峰跌落下来。