1916年至1927年，蔡元培任北大校长，广开“学术”与“自由”之风，是民国时期最为著名的教育家。谁又知道文质彬彬的蔡元培，在年轻时却是一名刺客，不仅组织参与了多起刺杀活动，甚至还教授学生刺杀之道。
蔡元培早期曾任职翰林院编修，及其推崇维新思想。在戊戌变法失败后，蔡元培认识到平稳的变法改革已经无法救中国，要通过暴力革命推翻清政府的腐朽统治。蔡元培辞去职务，与蒋观云、章太炎等组建“中国教育会”，并建立了一所爱国女校，以此作为反清革命运动的据点。
不久，“中国教育会”受到清廷的打击，章太炎等会员被捕。蔡元培决定甄选骨干力量，成立“刺杀团”，对清廷大员进行刺杀报复。由于缺少必要的暗杀装备，蔡元培组织陈独秀、章士钊等文化水平比较高的革命者，在爱国女校地下室进行秘密炸药研制。为此蔡元培甚至自学了化学知识，一种体积较少，威力比较大的自杀型炸药被制作出来。这种炸药威力虽然比较大，但需要近距离对暗杀目标进行抛投，进行暗杀的人员往往必死无疑。蔡元培甚至在爱国女校的学生中甄选暗杀人员，并教授他们化学知识，以便配置毒药进行暗杀，他认为女性用毒药暗杀会更容易成功。
1904年，蔡元培在上海组织留日归国人员成立秘密刺杀团“光复会”，这些人很多都是日本军官学校毕业，大大充实了刺杀力量。1905年9月，清廷派遣载泽、端方、徐世昌等五大臣出洋考察，“光复会”筹集了大量蔡元培研制的炸药，由“光复会”会员吴樾执行，准备对五大臣进行刺杀。吴樾驾着装满炸药的车冲向五大臣的车队，由于车身震动，还未到达有效杀伤距离，炸药就爆炸了，吴樾当场牺牲，五大臣只有两人受伤。
吴樾的死，狠狠给了蔡元培等人一个嘴巴子，他们终于意识到，真正能拯救中国的是新的思想、新的知识，仅仅刺杀几个人根本没有什么作用。不久，在蔡元培主持下，“光复会”并入“同盟会”，蔡元培把更多的精力放在了留学考察和培育新型革命人才上。