公元1368年，明洪武元年，元至正二十八年，在辽阔的中国大地上出现了两个正统皇帝。这就是明太祖朱元璋与元顺帝妥懽帖睦尔，蒙古贵族对中华大地的统治已经进入倒计时状态。
元顺帝
元朝虽然灭亡了，但是蒙古贵族仍然占据着大漠南北、东北、西北的辽阔地区。在陕西、甘肃、山西、河北北部、云南仍然存在着大量终于元朝的军队。西北的察合台诸汗国、东北的诸王、高丽仍然在支持元朝皇室。作为蒙古帝国存在的政治实体，仍然具有非常强大的力量。
元顺帝妥懽帖睦尔在上都恢复了完整的统治机构，依然作为蒙古汗国的大汗统治着蒙古世界。甚至有重新夺取大都、恢复统治全中国的打算。
明太祖朱元璋深知北元的军事威胁，调集数十万精锐部队，集合徐达、常遇春、李文忠、冯胜、蓝玉等名将，双方为了争夺全中国的统治权，中国的北方展开了一场旷日持久的战争。
王保保
北元名将王保保（扩廓帖木儿）驻扎山西，李思齐等人屯兵山西，总兵力二十余万。这些军队是元朝最具战斗力的部队，王保保是元末明初最杰出的军事家之一。徐达与常遇春乘王保保大军进攻大都时，突然袭击其老巢太原城。王保保急忙率军回救，在太原城外与明军决战，因部将投降明朝为内应，徐达与常遇春夜袭王保保大营，大获全胜。一代名将王保保仅率领18骑逃亡。
王保保收集败兵退居甘肃定西，在沈儿峪一代修整。徐达攻破甘肃庆阳之后，返回南京。王保保趁此机会包围兰州全歼明朝援军，但未能攻破兰州城。为了消除王保保的威胁，朱元璋派徐达率军在沈儿峪与王保保对垒，俘获八万余人，王保保逃往和林。
1370年，元顺帝妥懽帖睦尔在应昌去世，他是成吉思汗的子孙中，最后一个统治过全中国的大汗。其子爱猷识理达腊继位，就是北元昭宗。
徐达
洪武十一年，公元1378年，北元昭宗去世，其子脱古思帖木儿继位。朱元璋希望改善关系，派人前往吊祭北元昭宗，但北元依旧不断派兵袭击内地。
王保保去世之后，北元境内最强大的势力就数东北的纳哈出。洪武二十年，冯胜、蓝玉率军出征纳哈出。在部将不断投降的情况下，纳哈出不得不派人前往冯胜大营投降。此后北元势力大为衰落。
蓝玉
朱元璋乘胜追击，命令蓝玉作为统帅，率十五万大军直捣脱古思帖木儿的大营。蓝玉大军在捕鱼儿海追上逃跑的脱古思帖木儿，当时飞沙走石，大军偷袭成功，斩杀数千人，俘获脱古思帖木儿的儿子、嫔妃、诸王、大臣，部落七万余人。脱古思帖木儿与长子逃脱，在逃亡途中，父子二人被下属杀害。
脱古思帖木儿死后，蒙古汗国失去了共主，草原之上又陷入了互相攻伐的状态。成吉思汗的子孙终于告别了那一段荣光无限的历史，蒙古世界彻底破碎了。