武昌轻易失守，杨秀清怒斩石凤魁、黄再兴，此时的他才真正意识到西征战场的严峻！湘军的崛起和整顿后的绿营所释放的能量大大超乎太平军的预料，杨秀清决定在半壁山、田家镇要塞组织一次大规模的阻击战，遏止湘军东进势头。半壁山、田家镇处地形险要，特别是长江南岸的半壁山，独峰耸立、峭壁如削，伸入江中阻滞半壁江水，导致这里水域变窄并形成了复杂的水况。一旦占据半壁山，架设炮台，居高临下，必然给通过此处水域的舰船造成巨大伤害，太平军选择在此处决战是有地理优势的。
太平军在半壁山、田家镇横架锁链
对于半壁山、田家镇这关键一战，杨秀清不敢怠慢，他命燕王秦日纲挂帅指挥。秦日纲作战风格勇猛，但缺少谋略，这一点杨秀清十分清楚，为此他在天京不断叮嘱和指导秦日纲构筑防御体系，希望以此弥补秦日纲的谋略不足。1854年10月15日，秦日纲正式接手湖北军务，他按照杨秀清的叮嘱，在田家镇至蕲州一段四十里之江岸构筑了土木城和炮位，准备以长线火力拖住湘军水师的步伐。接着太平军在半壁山和田家镇之间横架三根大铁锁，封锁江面，并在该水域泊排船只数十只，配以炮火，严阵以待。整个半壁山、田家镇防御体系的重中之重恐怕还是半壁山，这里担任对付水、陆敌军的双重任务，所以太平军在半壁山的防御投入也是下足了劲。太平军在半壁山扎营数座，其中大营一座。山脚下开挖深沟绕住阵地，沟外侧竖木桩、竹签，用以阻滞敌人陆军步伐，沟内侧构建炮台、土木堡垒，准备在外侧阻碍物的配合下射杀冲锋的敌军士兵。虽然秦日纲按照杨秀清的计划布下了全方位的防御体系，但杨秀清还是觉得不够稳妥，他特意下令在木排上建造了一座木城，内置枪炮，其实就是一座可以在水面移动的碉堡，杨秀清希望这项新武器能助守军一臂之力。
太平军构建防线
除了加强防御体系外，杨秀清还命国宗韦俊、石镇仑、韦以德等领军赶赴田家镇，加上从武昌败退回来的部队，田家镇阵线集结了数万太平天国大军。曾国藩打下武昌后原本想稍作休整再行军，但咸丰下旨催战，湘军及湖北的绿营于1854年10月28日兵出武昌，向东挺进。湖广总督杨霈、陕西提督桂明率领绿营走长江北岸，直驱蕲州；彭玉麟、杨载福统率湘军水师顺江而下；塔齐布率湘军陆师出武昌克鄂州、大治、兴国（阳新）抵达半壁山下游的富池；罗泽南率另一部湘军陆师取道金牛、大治、扎营于半壁山附近，大战一触即发。
湘军、绿营东进
从整个战前的布局来看，湘军要攻破太平军的防御工事似乎要付出很大的代价，但杨秀清等人忽略了两个重要的问题：一是太平军主动采取守势，基本放弃了自身善于流动作战的优势，在没有强大后勤支持的情况下，这种战略存在巨大隐患；二是没有认真研究湘军的作战特点，特别是其先进水师的构成特点，未能做到知己知彼，总结来说就是太平军严重低估湘军的作战先进性。杨秀清确实非常聪明，但如果对对手不了解，只是按照自己的主观意志行事，再好的点子有时候也无法释放光芒。