后来，我国的远征军受到了日军严重的打击，不得不撤回进行整顿，孙立人为首的军队撤退到印度，这时他带领的军队改名为中国驻印军队。孙立人带领的军队和其他人有很大区别，其他的将领带领的军队在撤退的时候伤的伤，亡的亡，损失惨重。孙立人带领的军队非但没有受损，士气还更加高涨，将士们也更加团结。养精蓄锐一段时间后，孙立人和另一只部队的首领杜聿明一起带领将士们到缅甸打仗。
孙立人在缅甸作战的时候战绩辉煌，他带领自己的军队消灭了两万多名日本军人，俘虏了一千多名士兵，包括师长。孙立人知道俘虏的是参与过南京大屠杀，还与国军作战过的人时，打消了把他们押送到云南的计划，直接对这些日军进行审讯。他下令只要是到过中国的就活埋，这么多人中只有一位没有到过中国。
他的活埋举措让中国人顿时感觉出了一口气，看到日本人被活埋，很多人都激动起来拍案叫好。不过他的这个做法却引起了国际军事法庭的注意，美国人感觉孙立人这样做只会导致日本人更不愿意投降。军事法庭要展开对孙立人的调查审讯，但是后来也慢慢没有了消息。孙立人在台湾安享晚年，上世纪九十年代因病去世。