1644年李自成攻入北京，崇禎帝吊死在煤山，同時清軍突破山海關，入主中原。福王朱由崧在南京稱帝，史稱南明。
實際上當時南明並不弱，雖然丟失了北方大部分地區，但是那時中國最富庶的地方已經是江浙兩廣一帶，南明擁有糧食產地，南京也有完整的行政系統，同時還號稱擁有百萬軍隊，可為什麼不到20年就被僅僅十幾萬清軍滅了呢？
首先內部正在爭權奪利，太監集團和東林黨還在爭權奪勢，朝廷根本沒有作為。當時清軍的主要攻擊方向是退守西北的李自成，如果這時候能上下一心攻擊山東河南一帶，清軍很可能無法雙線作戰而失敗再次退出關外，可惜，南明統治者只想守成半壁江山，坐失良機。
其次，此時雖然還有很多軍隊，可是這些軍隊的指揮權都掌握在各路軍閥手中，這些人並沒有什麼愛國心，想的只是怎樣鞏固自己的勢力範圍，讓他們與清軍拼老本是萬萬不可能的。至於中央政權，看你能給多少利益驅動，我才為你賣命。事實上這些人很多在清的利誘下，成為了清朝奪取天下的排頭兵。
第三，與老百姓的矛盾沒有緩和，明末時期財政基本上無法保證軍隊和朝廷開支，只能採用高徵稅的方法，又恰逢幾次天災，老百姓苦不堪言，而且土地都集中在少數的大地主手中，這才有了李自成等的造反。到南明時，南方還時不時的有農民起義發生，這種情況下，在清軍攻打時，百姓根本不會與官軍同仇敵愾一起抵抗。而此時清朝卻為了能順利進軍宣佈減輕賦稅等舉措，使得南方民心更加動盪。
就這樣，不到2年的時間，南明滅亡的局面已定，到吳三桂殺永曆帝，支撐了不到20年。
有些問題實際上在李自成攻入北京前就已經有了徵兆，只是那時不太凸顯，在外敵入侵，天災連年等因素下，問題集中且放大，導致了最後的漢人王朝終結。
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