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不算。根據《物權法》的規定，不動產物權的設立、變更、轉讓和消滅，經依法登記，發生效力；未經登記，不發生效力，但法律另有規定的除外。
什麼是善意取得呢？《物權法》第一百零六條規定了善意取得制度。無處分權人將不動產或者動產轉讓給受讓人的，所有權人有權追回；除法律另有規定外，符合下列情形的，受讓人取得該不動產或者動產的所有權： （一）受讓人受讓該不動產或者動產時是善意的； （二）以合理的價格轉讓； （三）轉讓的不動產或者動產依照法律規定應當登記的已經登記，不需要登記的已經交付給受讓人。 受讓人依照前款規定取得不動產或者動產的所有權的，原所有權人有權向無處分權人請求賠償損失。 當事人善意取得其他物權的，參照前兩款規定。
所以，如果雙方已經簽訂了合同，對於不動產房屋的善意取需要滿足兩個條件：1. 受讓人受讓不動產時是善意的；2. 已經支付了合理的價格。不是長期的佔有和使用，那麼長期的佔有和使用能夠對於取房屋的所有權可以起到輔助作用，不是關鍵性的作用。
律師王偉華
合同有效，按照市場價支付房款並辦理房屋過戶手續後，才能構成善意取得。
葛容律師
【每日講法觀點】房屋沒有過戶，合同也無效，雖然長期佔用房屋，但並不算善意取得。
什麼是善意取得？
善意取得也稱作及時取得，一般是指沒有處分權的人轉讓標的物給善意第三人的時候，善意第三人可以取得標的物所有權，而所有權人不能要求善意第三人返還原物。根據《中華人民共和國物權法》對於善於取得的規定，善意取得並不僅限於所有權，其他物權也可以產生善意取得的效力。
法律從保護交易安全和便捷的角度考慮，規定了善意第三人在符合法律規定的情形下，可以取得無權處分人轉讓的物的所有權。所以善意取得制度作為所有權保護的一種例外情形，是無權處分的一種特例，是對所有權的一種限制。
善意取得一般需要具備如下條件：
- 第三人受讓動產或者不動產的時候是善意的；
- 以合理的價格進行轉讓；
- 轉讓了動產或者不動產，依照法律規定應當登記的已經登記，不需要登記的已經交付給受讓人。
善意第三人在交易的時候，如果符合上述條件，就可以取得動產或者不動產的所有權。而原來的所有權人無法請求善意第三人返還原物，只能向無權處分人請求賠償損失。
結合問題分析
題主的問題是房屋沒有過戶，並且合同也是無效，但是長期佔用在房屋內，顯然不符合善意取得的構成要件。
善意取得的幾個條件，第一交付的不動產需要登記的應當登記、第二第三人是善意的，目前看來題主並不符合善意取得的要件，因此不屬於善意取得。
總結
善意取得作為所有權保護的一種例外，是為了側重於保護交易的安全，保護善意第三人的信賴，只要第三人在購買物的時候盡到了合理的注意義務，不管處分權人是否有權處分，善意第三人都可以取得物的所有權。
