朱見深即帝位時十七歲，正值青春年少。兩宮太后為替新皇帝選擇皇后人選，頗費了一番心思。她們在英宗生前親自替兒子選定的十二名淑女中，再行認真挑選，選了王、吳、柏三人，留住宮中，慢慢進行教導考察。
朱見深的生母周太后，命司禮監牛玉在三名淑媛中，選定一人為皇后。牛玉對周太后說，先帝在時，曾屬意吳女和王女，我看二女姿貌相當，分不出誰更美麗端莊，比較起來，似是吳女更為賢淑。周太后便作主，替憲宗朱見深擇定吳氏為皇后，錢太后當然沒有什麼意見。
誰知大婚之後，皇帝新郎並不貪戀吳皇后的青春美色，而是常常宿在嬪妃萬氏宮中，這使吳皇后又氣又羞。她不明白，自己哪一點比不上徐娘半老的萬妃，無論姿色才學，還是門第修養？她更不明白的是，比皇帝大十七歲的萬妃，用什麼手段把皇帝的心死死拴住？
原來，大婚前的明憲宗，早已同年過三十的宮女萬貞兒有了私情。萬貞兒原籍青州諸城（今山東諸城）人，父親萬貴為縣衙掾吏，因親屬犯罪，被謫居霸州。萬貞兒年僅四歲便充入掖庭為奴，十多年後，出落得花容月貌。孫太后憐她聰明伶俐，命她在紅壽宮管理服裝衣飾等事。
天順六年（公元1462年），孫太后病死，年已十五的皇太子乘機把萬貞兒要進東宮，做自己的貼身侍女。儘管萬貞兒已年過三十，但仍是處女，且華色猶濃，看上去不過二十左右。從此，兩人便瞞著宮裡人，幹起了風流韻事。
明憲宗即位後，唯戀著萬貞兒一人。照他心思，是要冊立萬貞兒為皇后，但以一個年齡比他大十七歲，又是微賤出身的宮女之身，想坐上皇后寶座，幾乎是做夢。迫於禮制，也迫於母命，憲宗只得與吳皇后成婚。
憲宗和吳皇后大婚以後，年輕美貌的皇后並沒有打動憲宗，他依然與萬貞兒如漆似膠，形影不離。由於憲宗對吳皇后不聞不問，吳皇后便把這一切歸結到了萬貞兒身上，對萬貞兒動用了杖刑，打的萬貞兒站立不起。此事很快就被傳開了，並傳到了朱見深的耳朵裡。
這下可不得了，憲宗大怒，要找吳皇后評理，萬貞兒攔住憲宗，不讓去鬧。憲宗又恨皇后，又憐萬貞兒，伸手解開萬貞兒的衣服，見她白嫩的肌膚上，一道道杖痕透著血色，不由怒從心起，發誓道：“此等潑辣貨，我若不把她廢去，誓不為人！”。第二天一早，憲宗便去見兩宮太后，說吳皇后舉動輕佻，不守禮法，不堪居六宮之首，定要廢去。錢太后不便說什麼，周太后勸阻道：“冊後才一月便要廢去，豈不惹人笑話？”憲宗堅持要廢，周太后溺愛兒子，只得由著憲宗。
於是，一道廢后詔書下達，命吳氏退居別宮，還把司禮監牛玉罰往孝陵種菜。
過了兩個月，周太后下旨，要憲宗冊立已同柏氏一起被封為賢妃的王氏為皇后。王皇后生性軟弱怕事，知道皇帝寵幸萬妃，只得處處謙虛忍讓，做個傀儡皇后也就罷了。
成化二年（公元1466年），萬妃生下皇長子，憲宗大喜，立即進她為貴妃，又派出使者四處禱告山川諸神。誰知偏偏天不從人願，未等滿月，這位龍子竟短命夭折了。
成化二十三年（公元1487年）春，萬貴妃死了。萬貴妃一死憲宗好似失了主心骨，悽然說道：“貴妃一去，朕亦不久於人世了！”
他主持貴妃的葬禮一如皇后之例，並輟朝七日。這年八月，鬱鬱寡歡的憲宗果然也得了重病，追隨萬貴妃而去。萬貞兒以一個卑微的宮女，半老徐娘之身，竟一舉奪寵，寵冠後宮，做了二十多年無名有實的皇后。各種原由，無人能曉。至於憲宗的兩個皇后吳氏和王氏，一個是新婚伊始便守活寡，一個是當了一輩子的傀儡。
憲宗去世後，孝宗即位。史料上最早有關萬貴妃官方記載，是明朝的官方史籍《憲宗實錄》。
原來，孝宗自幼就目睹父親憲宗對其生母不理不睬，卻對萬貴妃關懷備至，自其六歲被立為太子，到即皇帝位共十二年，憤憤不平之心由來已久，借為前朝修史之機，不好意思罵父親，就罵萬貴妃。
除了孝宗外，內廷外朝其他人對萬貴妃的印象也不好。憲宗的那些嬪妃、二十多個子女及他（她）的生母、還有憲宗的親生母親周太后，對憲宗專寵萬貴妃數十年，無不憤恨。
《憲宗實錄》中說：“服用器物窮極僭儗，四方進奉奇技異物皆歸之”，萬貴妃的穿著日用品皆奢華，同皇上有都得一比，各地獻給皇上的奇珍異寶，也被她所享用。憲宗千方百計給她好東西，讓她歡喜，博取歡心。
又說：“一門父兄弟侄皆授以都督都指揮千百戶等官”，是說萬貞兒孃家人都因裙帶關係被封了官職。
還說：“佞幸出外鎮守內備供奉者，如錢能、覃勤、汪直、梁方、韋興……假以貢獻買辦科歛民財……擅作威福戕害善良弄兵構禍。”這是說萬貴妃罩著一班宮內宮外的壞人，這些人在外面搜刮民財，作威作福，殘害忠良，這些人還在邊疆尋釁滋事。
在《明史萬貴妃傳》裡，有兩項對她嚴重的指控：第一、“掖廷御幸有身，飲藥傷墜者無數。孝宗之生，頂寸許無發，或曰藥所中也”。意思是說，萬貴妃一旦發現被憲宗寵幸過宮中女子有身孕，就立即用藥令她們強行墮胎，許多懷了憲宗龍種的嬪妃宮女，都未能倖免，就連後來的孝宗出生時，頭頂禿了一塊，也是因他母親懷他時中毒而起。第二、“紀淑妃之死，實妃為之”。是說孝宗生母紀妃，也是萬貴妃毒死的。第二項關於紀妃和孝宗身世的指控，同時詳盡地寫在《明史紀太后傳》中。
