褐藻：
褐藻又叫矽藻，以硅藻居多，一般出現在玻璃，石頭或葉片上，是一種褐色薄層狀藻類。主要出現在開缸早期，由於水質尚未穩定、氮素和碳素含量過高、光照不足等原因造成，一般開缸時間較長，水質穩定後就會消退。
治理方法：生物可放入大量的黑殼蝦等除藻生物、同時配合有規律的換水、密植水草等方法進行治理。
石頭上的褐藻
綠水：
正常的魚缸水體應該是清澈透明的，但如果忽然出現了霧濛濛渾濁的狀態，並逐漸的變成了綠色，這就是出現了綠水。綠水最主要的產生原因是過濾不足再加上水體過肥和強光照，就容易產生。
處理方法：減少光照，加強過濾，加強換水。另外可使用帶UV燈的過濾桶進行治理。
黑毛藻：
黑毛藻經常出現在沉木、過濾器出入水口、底砂、水草葉片等地方，特別是水流比較快的區域出現的會比較多。黑毛藻產生的原因：水體的PH和硬度過高、加入草缸的液肥組成不合理元素失衡，肥料積累太多，魚缸過濾能力不足等都會誘發。
治理方法：除了正常的加大換水、減少光照和肥料，可以放入小猴飛弧等工具魚進行控制，化學方法可以用注射器在黑毛生長的地方點射戊二醛，但是一定要控制用量，避免傷害水草和魚類。
黑毛藻
絲藻：
絲藻因為形狀如同細絲一般，絲藻一般出現在MOSS、底砂、生長慢等水草上以及沉木上，主要的產生原因有照明過強、照明時間過長、水草過少、肥料過量、魚過多和餵食過量等原因。
治理方法：在草缸中放入一些可以吃絲藻的工具魚蝦螺，其中代表就是大和藻蝦。人工處理可使用廢棄的牙刷將絲藻慢慢捲起移除。
絲藻
剛毛藻
經常出現在MOSS叢中以及牛毛根部的某一個點，成為一團的狀態頻繁換水，減少光照時間和強度，加大二氧化碳供給，如果濾筒很長時間沒有清洗了就洗洗，局部藻密集的重點噴灑52醛。一段時間後說沒就沒了。
治理方法：少的地方，用牙刷卷出，這種藻草蝦是無能為力的，多的地方，把草一同清除。
綠斑藻：
綠斑藻是直徑小於0.5mm的綠色斑點狀藻類，偏愛較強的照明，通常附著於光線較強的水族缸玻璃面或者成長緩慢的水草上面。例如缸壁、闊葉陰性水草葉片表面如大榕、小榕等。產生的原因：當水族缸的CO２或者磷酸（PO4）濃度偏低，再加上光照強度較高就容易出現。
治理方法：綠斑藻質地很堅硬，常見的食藻魚對於清除綠斑藻的功效有限。可嘗試使用青苔鼠、螺等生物治理。對付綠斑藻最有效的工具螺是斑馬螺。同時使用卡片定期擦洗缸壁，將長綠斑的老葉片剪掉，另外有資料稱加入適量的磷酸二氫鉀也可控制綠斑藻。
綠斑藻
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