一孔
你提出的問題很專業！有代表性，現簡要回答如下：
1、公司全體股東同意將公司承包給一個股東經營，承包人自負盈虧，還要完成年承包費40萬元，估計這家公司運營正常，財務管理應該很規範，有盈利。這40萬元屬於公司繳完所得稅後的稅後利潤，在公司年終決算後轉為未分配利潤。
2、承包費的支付方式可以根據承包協議的約定，按季，按半年支付。按承包協議支付給其他股東的承包費，支付時從公司賬上支付，掛往來款，年終決算後，結清時衝未分配利潤。
3、這個承包費，在公司賬面反映是應付利潤，在分配轉給股東時，必須從公司賬上轉出，不能由承包人個人支付。如果不入賬，稅務風險很大。
4、年終，其他股東與公司結清承包費，同時確認這分配給股東的承包費收入屬於利息、股息、紅利所得，個人所得稅率是20%。股東年個人所得超過12萬（含分紅），應當由公司上報代扣代繳。
順心財務
企業承包經營一般有2種情況，第一種是承包者實行獨立核算、自負盈虧，承包者需向發包方（主體企業）定額上交承包費的，從稅收角度屬於主體企業在約定的時間內將場地、房屋、物品、設備或設施等使用權轉讓給他人經營而取得勞務收入的納稅範圍，屬於經營租賃的應稅行為，應按“服務業”中的“租賃業“稅目繳納增值稅，此時發包方（企業）按收取的承包費作為經營收入，承包方按上交的承包費作為經營成本。
第二種是公司實行內部指標考核、承包者不自負盈虧，仍由企業統一核算盈虧，這時由於企業的經營權沒有改變，其收回的承包費不屬於增值稅的納稅範圍，不需繳納增值稅。
根據你說的情況，公司股東決定將公司承包給其中一個股東，由其自負盈虧，並每年上交承包費40萬元。
這樣，第一個問題的答案就是，每年40萬元的承包費屬於公司的收入（利潤來源），同時也是承包人的經營成本。
第二個問題，承包費必須由公司入賬核算。根據權責發生制原則，即使公司暫時沒有收到款項，也應按照合同約定的時間、金額及時足額確認收入並申報繳納增值稅。如果承包人將承包費直接付給其他股東，視同公司向股東分配利潤，公司需繳納企業所得稅，股東需繳納個人所得稅。
第三個問題，對公司來說，需就其得到的承包費按照租賃業務申報繳納增值稅及附加稅費，如果有利潤時還需要繳納企業所得稅。租賃標的為房屋、土地等不動產的，稅率為9%，如果為2016年4月30日前取得的不動產，可以選擇適用簡易計稅方法,按照5%徵收率計算應納稅額。
需要特別說明的是，由於公司實行內部承包經營，其法律主體地位未發生變化，公司需承擔承包人經營業務可能未足額及時申報繳納及接受虛開發票，對外虛開發票等相關責任和義務。建議公司在實施承包經營時，一要做好清產核資，把公司現有的各項資產、負債項目核查清楚並編製成冊；二是做好責任劃斷，包括公司遺留債權的清收，遺留債務的償還，遺留產品質量保證，遺留客戶保證金的退付，遺留稅款和職工工資薪酬的支付及其他，明確責任主體和結算方法；三是資產移交，移交承包人繼續銷售的存貨，移交承包人使用的固定資產等，要編制移交清單，確定交接責任；四是對公司銀行賬戶的後續使用和管理作出約定；五是對公司的證照、資質、市場等管理作出約定；六是對員工的繼續使用及工資薪酬的約定等。
財稅達人張慶國
公司已經交給一個股東經營，承包費應該歸屬於其他股東，不用入公司帳，股東繳稅。
