战乱一发生，吴军就来势凶猛，迅速占领了岳州、城陵、衡阳等地。康熙十三年三月，耿精忠据福建与清廷抗衡。12月，陕西提督王辅臣在吴三桂诱引下反清，占领平凉，与进攻四川的吴将王屏藩呼应。就这样，陕西、甘肃、四川、湖南、云南、贵州等省被吴军控制。暂时的胜利冲昏了吴三桂的头脑。他认为用兵之术举世无双，企图压迫康熙与之和谈。
然而，康熙早已看透了他的心理，不仅无动于衷，而且积极备战。首先，清军奉命进驻岳州，进攻吴军。其次，在几次招降王辅臣失败后，康熙十五年率军进入平凉，逼迫王府臣投降，使王屏藩失去援助逃往汉中。第三，得知吴三桂想谋结青海多尔济为援时,，立即命令张勇屯甘州防御。这样，清廷基本平息了陕甘，使吴三桂勾结西北汉族将领，煽动蒙古族叛乱，从侧面进攻北京的阴谋彻底破产。
耿精忠叛乱之后，同台湾的郑经对广东形成了夹击态势，致使清在粤东十县中失去了第个。康熙十五年六月十五日，清康亲王杰书乘耿、郑不和，战胜耿精忠,并迫使郑经退败返回台湾。同年十月，耿精忠投降，福建被清军收复。康熙五月十五日，清军攻占广西。同年四月十五日，当吴三桂部下马雄进逼广州时,尚可喜的儿子尚之信挟持其父反叛清廷。康熙十六年五月,在清镇南将军莽依图的进攻和三桂逼迫下,尚之信走投无路而降清。
吴三桂在失去了陕西、福建、广东的援助之后,根据地只剩下云、贵、四川和湖南四省。由于长期的战争，吴三桂府库空虚；加上吴三桂的横征暴敛，压迫的人民怨声载道，最后导致众叛亲离。同时为了维系内部的人心，吴三桂在康熙十七年三月在衡阳称帝,国号“周”。八月清军大举压境，吴三桂气绝而死。康熙十八年初，清军先后攻占了长沙、衡阳。十九年正月,清军提督赵良栋攻克成都。二十年十月，清军在昆明城下大获全胜。吴三桂的孙子吴世潘自杀，其他人员活捉后被送往北京,处以碟刑。至此，历时八年的三藩之乱全部平定，清朝取得了最终的胜利。
所以说传说中的冲冠一怒为红颜说法欠妥，更多的是三藩已经威胁到了清朝的统治，康熙想扫清障碍。
