康熙十二年（1673年），撤藩引起三藩兵叛，十一月，吴三桂起兵反清，消息于十三年春传到惠州。三月，耿精忠叛清于福建，潮州总兵刘进忠依附耿精忠叛清，潮州恢复明制，并引台湾郑经渡海进兵福建漳州、泉州和广东潮州。惠州府的海丰县也情势急变，惠州府县两城官府加紧修城、储粮、练乡勇;城中设置炮台以应事变。五月，出兵征潮州，尚之信奉尚可喜之命派兵出征，驻守惠州的大兵受命参与征漳、潮，而屡战屡败。
三藩兵叛
康熙十五年正月，驻普宁的清兵尚之孝部，在刘进忠的强攻下感到力量悬殊而无法抵抗，故自焚县城和粮食等物资，然后连夜撤走。尚之孝、固山、王国栋、严自明被迫领兵退至惠州，四周百姓惊慌奔入城中。大兵于府县两城募民夫挖濠筑墩、建筑工事，民力已竭。二月，刘进忠领刘国轩、何佑等二十多镇标官兵追至惠州，围府县两城。布兵将自北网岭至百田，连延四五十里地方，日夜炮攻，喊声震天。尚之孝、王国栋、严自明固守府城；总兵施风、班际盛等守县城；由水师张国勋应援府县二城。而二城电兵近十万，城被围后粮草不能支持一月。三月，尚之信于广州叛清，接受吴三桂“招讨大将军”、“辅德公”等封号。两广总督金光祖、广东巡抚佟养钜、广西巡抚陈洪明、总兵孙楷宗等俱叛降而附之。接到文告后，惠州城中藩属官兵全体叛清，但不愿降刘进忠而向吴三桂乞降，吴三桂命撤师回广州，让出惠州府城、归善、博罗给刘进忠，并遣使通好。刘进忠遣罗纬人城安民，固山提督师回广州。至此，惠州恢复明制，下令束发。五月，郑经任刘国轩镇守惠州，刘进忠等则回师潮州。
清朝广东形势图
刘国轩守惠军纪严明，不准兵士扰民，每日只许一营的兵士入城住原来经抽检的民居。百姓都不知道驻惠总共有多少兵。郑经也先后短期委任了惠州几任地方官，多不足二月，时局变化无常，连郑经自身都难保。清军加强了攻势，又收复了福建漳、泉等地，郑氏大势已去
康熙十六年六月，清福建布政使司姚启圣到潮州劝降刘进忠。因康亲王大兵收兴化、取泉州，郑经退踞厦门。刘进忠孤守潮州，感到走投无路，遂令士庶剃发，以潮州降清。驻惠州的刘国轩原与刘进忠共约守御惠、潮，得知刘进忠降清，知惠州难保，即率亲信众人弃惠州回厦门。六月十日，清朝廷派遣官员陈琏、曹应鹄到惠州接管，十二日，出示剃头令，惠州复归清朝。至此，为害惠州三十余年的兵燹之灾才宣告结束。
惠州古城墙
“三藩之乱”导致惠州人民大量死亡，家园被毁。幸存者的伤痛和恐惧难以平复。当时归善秀オ李天瑞在乱后写下一首题为《宿避世楼寄友人》诗，末四句云:“乱后怕听邻犬吠，梦余不见晓鸡鸣。昇平屈指知何日，徒向长天忆马卿。”写出了惠州人在长期战乱的祸害之后心有余悸，徬徨无计的心情。
康熙二十七年（1688年），王煐以天子近臣尚书郎出守惠州，他在一首《至日书怀》诗中详细描述了惠州兵灾后的状况：“此邦兵燹后，间阎苦残暴。江海潜鲸鳄，林莽聚虎豹。横征田畴弃，安望五月粜。十室九磬悬，饥寒迫为盗。譬彼流离子，半生失怙冒。病而入膏肓，非止溃小疱。”在王煐的眼里，惠州的灾情相当严重，已是“病而人膏肓，非止溃小疱”，没有长时期的休养生息和妥善的政策帮扶，很难恢复过来。事实也的确如此，直至雍正年间，惠州农业生产仍未能恢复元气，“出产之米，不足供民间食用”。以至于当时的广东巡抚杨文乾上奏朝廷：“唯惠、潮、琼三府僻处海隅，产米甚少，请酌增谷石分贮各属县”，以应不敷之用。
