康熙十二年（1673年），撤藩引起三藩兵叛，十一月，吳三桂起兵反清，消息於十三年春傳到惠州。三月，耿精忠叛清於福建，潮州總兵劉進忠依附耿精忠叛清，潮州恢復明制，並引臺灣鄭經渡海進兵福建漳州、泉州和廣東潮州。惠州府的海豐縣也情勢急變，惠州府縣兩城官府加緊修城、儲糧、練鄉勇;城中設置炮臺以應事變。五月，出兵徵潮州，尚之信奉尚可喜之命派兵出征，駐守惠州的大兵受命參與徵漳、潮，而屢戰屢敗。
三藩兵叛
康熙十五年正月，駐普寧的清兵尚之孝部，在劉進忠的強攻下感到力量懸殊而無法抵抗，故自焚縣城和糧食等物資，然後連夜撤走。尚之孝、固山、王國棟、嚴自明被迫領兵退至惠州，四周百姓驚慌奔入城中。大兵於府縣兩城募民夫挖濠築墩、建築工事，民力已竭。二月，劉進忠領劉國軒、何佑等二十多鎮標官兵追至惠州，圍府縣兩城。布兵將自北網嶺至百田，連延四五十里地方，日夜炮攻，喊聲震天。尚之孝、王國棟、嚴自明固守府城；總兵施風、班際盛等守縣城；由水師張國勳應援府縣二城。而二城電兵近十萬，城被圍後糧草不能支持一月。三月，尚之信於廣州叛清，接受吳三桂“招討大將軍”、“輔德公”等封號。兩廣總督金光祖、廣東巡撫佟養鉅、廣西巡撫陳洪明、總兵孫楷宗等俱叛降而附之。接到文告後，惠州城中藩屬官兵全體叛清，但不願降劉進忠而向吳三桂乞降，吳三桂命撤師回廣州，讓出惠州府城、歸善、博羅給劉進忠，並遣使通好。劉進忠遣羅緯人城安民，固山提督師回廣州。至此，惠州恢復明制，下令束髮。五月，鄭經任劉國軒鎮守惠州，劉進忠等則回師潮州。
清朝廣東形勢圖
劉國軒守惠軍紀嚴明，不準兵士擾民，每日只許一營的兵士入城住原來經抽檢的民居。百姓都不知道駐惠總共有多少兵。鄭經也先後短期委任了惠州幾任地方官，多不足二月，時局變化無常，連鄭經自身都難保。清軍加強了攻勢，又收復了福建漳、泉等地，鄭氏大勢已去
康熙十六年六月，清福建布政使司姚啟聖到潮州勸降劉進忠。因康親王大兵收興化、取泉州，鄭經退踞廈門。劉進忠孤守潮州，感到走投無路，遂令士庶剃髮，以潮州降清。駐惠州的劉國軒原與劉進忠共約守禦惠、潮，得知劉進忠降清，知惠州難保，即率親信眾人棄惠州回廈門。六月十日，清朝廷派遣官員陳璉、曹應鵠到惠州接管，十二日，出示剃頭令，惠州復歸清朝。至此，為害惠州三十餘年的兵燹之災才宣告結束。
惠州古城牆
“三藩之亂”導致惠州人民大量死亡，家園被毀。倖存者的傷痛和恐懼難以平復。當時歸善秀オ李天瑞在亂後寫下一首題為《宿避世樓寄友人》詩，末四句雲:“亂後怕聽鄰犬吠，夢餘不見曉雞鳴。昇平屈指知何日，徒向長天憶馬卿。”寫出了惠州人在長期戰亂的禍害之後心有餘悸，徬徨無計的心情。
康熙二十七年（1688年），王煐以天子近臣尚書郎出守惠州，他在一首《至日書懷》詩中詳細描述了惠州兵災後的狀況：“此邦兵燹後，間閻苦殘暴。江海潛鯨鱷，林莽聚虎豹。橫徵田疇棄，安望五月糶。十室九磬懸，飢寒迫為盜。譬彼流離子，半生失怙冒。病而入膏肓，非止潰小皰。”在王煐的眼裡，惠州的災情相當嚴重，已是“病而人膏肓，非止潰小皰”，沒有長時期的休養生息和妥善的政策幫扶，很難恢復過來。事實也的確如此，直至雍正年間，惠州農業生產仍未能恢復元氣，“出產之米，不足供民間食用”。以至於當時的廣東巡撫楊文乾上奏朝廷：“唯惠、潮、瓊三府僻處海隅，產米甚少，請酌增谷石分貯各屬縣”，以應不敷之用。
