雞球蟲病多由艾美耳科的球蟲引起，其中盲腸球蟲（柔嫩艾美耳球蟲）和小腸球蟲（毒害艾美耳球蟲）較為常見。對雞球蟲病可以採取以下方法進行確診。
一、雞舍是否潮溼：雞球蟲的卵囊在潮溼的環境下會加速對雞群的感染和傳播。特別是連續陰雨天時，墊料又潮溼，經常容易爆發球蟲病。所以預防球蟲病首先要保持雞舍的乾燥。
二、墊料上是否有血便：不管是盲腸球蟲還是小腸球蟲都會拉血便，一般盲腸球蟲拉的血便是鮮血，鮮紅色，雞肛門上有時會有鮮血痕跡。小腸球蟲拉的血便是暗紅色，有時醬紅色。
因為球蟲會造成腸道出血，所以感染球蟲的雞子大多會缺血，外觀上表現是雞冠發白、發黃無血。（注意要把雞球蟲病和雞壞死性腸炎區分開）。
三、解剖感染病雞： 要區分雞球蟲病是盲腸球蟲還是小腸球蟲，最直接的方法是解剖感染雞球蟲病的病雞，盲腸球蟲病，盲腸腫大充滿血液或血塊。小腸球蟲是小腸或十二指腸腫脹充血，外表有大量出血點。
預防和治療雞球蟲病，首先要保持雞舍或墊料乾燥。其次定期對雞舍墊料進行消毒，雞舍放場可用生石灰消毒，（特別是陰雨天后的雞舍放場）。再三對雞球蟲病易發期18天至48天可用小青衣預防，在選取藥物時要注意雞球蟲對雞球蟲藥的耐藥性的產生和雞球蟲藥對雞的毒副作用。
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