左懋第为人正直，敢于直言进谏。崇祯年间，明王朝已处于穷途末路，矛盾重重、危机四伏，陷入内外交困之中，内有李自成农民军纵横半天下，外有清兵屡次入侵，边防破败，天灾频仍，三饷加派，竭尽民脂，吏治腐朽，民不聊生。
统治集团内部争权夺利，最高统治者崇祯皇帝刚愎自用，听不进正确意见。身为朝廷言官的左懋第忧心如焚，他屡次上疏，针砭时弊，提出救国救民之策，为朝野所瞩目。
崇祯十二年（ 1639 年）升迁为户部给事中，初任谏官，立刻上疏请求朝廷停止三饷加派，在他和其他大臣的苦谏下，
崇祯十三年（ 1640 年）正月，崇祯帝宣布停征剿饷，左懋第请求赶快传达这道圣旨，唯恐远方的官吏不知道，在之前已经征收，百姓得不到实惠。崇祯帝都采纳了他的意见。
他上书讲述了国家的四种弊病：百姓贫困、兵力虚弱、群臣萎靡不振、国家财政空乏。（尖锐指斥民穷、兵弱、臣工推诿、国计虚耗这四种时弊）提醒明王朝加以解决。为减轻劳动人民的负担，缓和阶级矛盾，以有利于巩固封建统治，较好地进行与崛起于关外的满族的民族斗争
他屡次上书奏请纳监、出钱赎罪、广开财源，行平仓法、监法及减轻赋税，输粟边塞、以充庞大的军费开支。例如：让赎罪的人出米赎罪，用盐制度恢复"开中制度"的老办法即：想获得盐业开发权要输送粮草给朝廷；让边塞的住户出粮充军粮。
某日，彗星出现，朝廷下令停用刑罚，懋第请马上向崇祯帝建议：严禁将士剽掠，官府剥削百姓。他还请求散发铜钱、开仓赈济都城的饥民，收养婴儿。左懋第疏请崇祯皇帝：立刻通告天下，免得地方依然开征，小民不得实惠，崇祯帝采纳了他的建议。
当年三月，北京大风不止，左懋第又借天变上言，直陈时政缺失。他指出：朝廷虽然数次下诏减兵省饷，但小民却日困一日。原因在于朝廷免征，而地方催征，贪官污吏借机中饱私囊。
欲除此弊，必须公开各地征赋之数，让小民明白，使贪官无法作奸。停征的加赋，必须严令各地实行，不许各级层层追加，这样才能使皇帝的恩惠润泽万民。
崇祯帝很赞赏他的建议，下令免掉上灾七十五州县新、旧、练三饷，中灾六十八州县新、旧二饷，下灾三十八州县三饷缓征。
