目前已知大部分冠状病毒都不会感染人，只有3种会且可能致命：SARS(2003)，MERS(2012), COVID-19(2019)。
医院把采集的病人样品送给专业实验室进行病毒毒株分离，再用这个毒株去感染细胞或者实验小鼠去验证这个病毒是不是感染该样本的病原体。然后对已验证的病毒进行全基因组测序(whole genome sequencing)，获得的数据分享到GISAID( Global Initiative on Sharing All Influenza Data)数据库，以便全球各国实验室开发合适的诊断试剂或者开发疫苗。
最早上传的武汉样本 2019年12月24日
最近上传的美国加州样本 2020年2月23日
新冠病毒COVID-19属于RNA病毒，有约29000个核苷酸碱基（nucleotides bases是病毒复制的遗传指导书），与2013年发现的云南蝙蝠携带的冠状病毒RaTG13对比，只有约1100个核苷酸碱基不同，相似率96.2%。RaTG13是目前发现的与新冠病毒COVID-19最相似的冠状病毒，其宿主是中华菊头蝠，但据此判断中华菊头蝠就是此次新冠病毒的源头还为时过早。
病毒在人群中传播时间越久就越容易发生变异(mutation)。流行病专家Trevor Bedford汇总了GISAID的数据并完善了冠状病毒种系进化图（如附图）。据其推测，25-65年前RaTG13和新冠病毒COVID-19拥有一个共同的祖先。目前所公开的5种新冠病毒COVID-19序列之间最大只有7个核苷酸碱基不同，说明这个病毒传染到人上只发生在近期。因此，假如源头果然是中华菊头蝠，中间一定有1个甚至多个中间动物宿主，而且传播时间应该不是在近期。
2003 SARS冠状病毒能基本确定果子狸为中间宿主的主要依据是果子狸的冠状病毒序列与SARS冠状病毒序列只有10个核苷酸碱基是不同的，相似度接近100%。对新冠病毒COVID-19，目前仍未找到与其基因序列如此相似的中间宿主。广西截获的从东南亚走私来的穿山甲中发现的冠状病毒，与新冠病毒COVID-19的相似度在85.5%到92.4%之间，无法确定穿山甲是中间宿主。
附图来源：
https://www.gisaid.org/epiflu-applications/next-sars-cov2-app/
https://nextstrain.org/groups/blab/sars-like-cov?c=host
