纪委是党内机构，检察院是国家机关，两个有本质区别。
纪委执行的是党的纪律，监督对象限于党员，检察院执行的是国家法律，监督对象涉及全体国民。
对于违纪党员，先有纪委负责审查，如果违纪而不违法，则给予纪律处分即止，如果违纪又违法，则在纪律审查及处分之后再移交检察院进行法律审查。检察院是公诉机关，对违法犯罪行为向法院提起公诉，最终裁判和处罚由法院做出。
检察院和法院并称国家司法机关。一般公检法并称中的公安局不属于司法机关，而是行政执法机关。从组织架构上看，公安部辖于国务院，而最高法与最高检则与国务院并行。
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