刘裕（南朝刘宋王朝开创者）长到弱冠之年，就告别了继母，参加了北府军，投奔在参将孙无终（孙无终，晋陵人东晋孝武帝时(今江苏扬州)相谢玄招募勇士，组成"北府兵"，用来对抗前秦苻坚，孙无终被任命为参将，成为当时名将。）的麾下。孙无终看刘裕长得魁梧高大，人也忠信勇武，知道是个不可多得的人才，就让刘裕做了自己的亲兵，后来孙无忌又升了官，就提拔刘裕做了自己的司马。
东晋安帝隆安三年（公元399年），会稽（今以绍兴为中心的江浙一带）孙恩反叛，卫将军谢琰及前将军刘牢之前去讨伐。当时的刘牢之和孙无终都是北府军中的名将，相互之间熟悉得紧。刘牢之素来知道孙无终的麾下有一员猛将刘裕，久仰其大名，常在孙无终面前提及刘裕。后来孙无终就将刘裕推荐给了刘牢之，以供其派遣。刘裕也不推辞，直接进了刘牢之的麾下。
当时正值讨贼用人之际，刘牢之收了刘裕做了参军，直接就参加了针对叛贼孙恩的讨伐行动。刘裕亲率数十人，深入贼窝，前去摸清敌军的踪迹，正好遇上数千名贼众，刘裕大刀一挥，勇猛无常，竟然喝退了恁多的贼众，吓得他们闻风丧胆。再加上刘牢之的儿子刘敬宣带兵前来接援，最后大败孙恩，将孙恩赶到海上去了，之后孙恩一直坐船在海上飘着，等待时机，司机进攻东晋沿海一带。
讨伐叛贼孙恩的战斗暂告一段落，不久，刘牢之便携刘裕班师回朝。没想到，那孙恩率贼众卷土重来，很快就攻陷会稽，杀了卫将军谢琰。刘牢之再次奉命东征讨贼，亲命刘裕为讨贼先锋。刘裕采用围追堵截，步步为营的战术，屡破孙恩。孙恩见在会稽占不到便宜，便北犯海盐（今浙江海盐县），刘裕前去筑城堵截，静待孙恩贼众前来攻城，以逸待劳。等贼众攻城时，刘裕率率数十名死士，迎头痛击孙恩，孙恩贼众乌合涣散，被击溃逃至沪渎（今上海）一带，后又走海路顺长江逃徙至丹徒（今江苏镇江一带）。丹徒是刘裕的故乡，怕孙恩贼众袭杀自己的亲人报复，刘裕急忙率军前去截击。
也怪那孙恩命里犯克，正好在半路上被刘裕逮了个正着。又是一顿狂打猛揍，孙恩军霎时溃散如鸟状，后来经郁州（江苏连云港附近云台山即花果山所在地，古称郁州。又称嵎夷也称隅夷或郁夷）逃到临海（今浙江临海市）去了。在此过程中，刘裕因讨贼屡建奇功被东晋朝廷封为下邳（今徐州）太守。刘裕领命后，继续讨贼于孙恩军逃跑途中，及孙恩溃军到达临海，已被刘裕击杀大半。时临海太守辛景趁势追击，将那孙恩又赶至海上，这次孙恩就没那么幸运了，直接落入海水中淹死了。
