靳源春
首先明确，对于由于扣缴义务人的原因没有及时将扣缴的税款解缴入库的，不影响纳税人进行年度汇算申请退税。
主要法律依据是
根据【中华人民共和国个人所得税法实施条例(2018修订)】第31条规定：
扣缴义务人未将扣缴的税款解缴入库的，不影响纳税人按照规定申请退税，税务机关应当凭纳税人提供的有关资料办理退税。
不影响纳税人年度汇算申请退税的原因分析
一是解缴税款是扣缴义务人的法定义务。扣缴义务人在每次预缴扣缴代扣税款后，必须得在次月的15日内上缴国库。根据【中华人民共和国个人所得税法(2018修正)】 第14条规定：
扣缴义务人每月或者每次预扣、代扣的税款，应当在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送扣缴个人所得税申报表。
如果由于扣缴义务人的原因而导致个人纳税人不能在年度汇算环节退税，使得其实际利益受损，这明显在法理和情理上面都有所欠妥。
二是由于扣缴义务人具有相对稳定性。
扣缴义务人一般是企业或者其他法人组织，相对于其他的灵活、零散的自然人来说它更具有稳定性，就算出现了代扣税款但没上缴国库的情况也比较易于管理和监控，而且法律上面对其进行行政处罚、强制执行也更有可操作性。根据【中华人民共和国税收征收管理法(2015修正)】第63条规定：
扣缴义务人采取前款所列手段，不缴或者少缴已扣、已收税款，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
综合上面两条原因，我们可以理解，为什么扣缴义务人不履行将税款上缴国库的义务，税务机关仍然愿意向退税。
税言家
扣缴义务人，既非纯粹意义上的纳税人，又非实际负担税款的负税人，只是负有代为扣税并缴纳税款法定职责之义务人。它的义务由法律基于行政便宜主义而设定，为法定义务。它同样要面对国家和征税机关，常常会同时扮演纳税人的角色，他们的很多基本权利应该是一致的。因此把扣缴义务人与实际纳税人一起归入纳税人的概念范畴，在实际的税收征纳关系中，有利于保护扣缴义务人在税法上的权利。
依法办理扣缴税款登记。根据新的政策精神，所有扣缴义务人都必须办理扣缴税款登记。对扣缴义务人实施扣缴税款登记制度，是对扣缴义务人进行税务管理的基础。考虑到许多扣缴义务人同时也是纳税人，为减少其负担，简化手续，对办理了税务登记的，税务机关不再发放扣缴税款登记证件，可以在税务登记中增加有关扣缴税款登记的内容，在税务登记证件上标注扣缴税款登记的标志。
依法接受账簿、凭证管理。新《税收征管法》第19和20条规定，扣缴义务人应当按照有关法律、行政法规和国务院财政、税务主管部门的规定设置账簿，根据合法有效凭证记账，进行核算。扣缴义务人的财务、会计制度或者财务、会计处理办法与国务院或者国务院财政、税务主管部门有关税收的规定相抵触的，依照国务院或者国务院财政、税务主管部门有关税收的规定计算代扣代缴和代收代缴税款。
扣缴义务人，一般指公司比较多，代扣缴了，就需要按时缴税费。没有交税费，一种情况：是扣缴人资金链出了问题，无法完成代缴。这种情况要联系扣缴人什么情况，督促其完成。另外是：忘记支付，这种只需提醒下，对方完成即可。
不要忘记税票哦
Mahone东哥
老周在这可以很负责任的告诉你，没有这会事。
扣缴义务人未将扣缴的税款入库，而纳税人还可以退税？这样的操作显然是不可能发生的，只能说有些人把税务局的退税审核流程想的太简单了。
先说说税务局的退税审核流程。
第一步，人审。
纳税人想要申请退税，必须先由税务大厅人员进行受理审核，主要审核退税所需要的资料是否齐全，而退税所需要的一个重要的资料就是完税凭证的原件或者复印件，如果没有这个，税务大厅是不会受理你的退税的。而这扣缴义务人若没有将扣缴的税款入库，肯定是没有完税凭证的。这第一步就将你挡在退税的流程外了，怎么可能不影响纳税人退税？
第二步，机审。
如果你退税的资料都准备齐全了，经第一步审核没有问题，那么下一步就是在税务局的金三系统走退税流程了。在这就能体现金三系统的强大了，金三系统会监控扣缴义务人的缴税记录，会自动对缴税额和申请退税额进行比对，系统会自动计算出可退税余额，如果扣缴义务人没有将税款入库，那么可退税余额就是零，就没法走下一步了，但退税流程必须通过金三系统才能走完。这也是通过金三系统对税务干部的监督，以防一些税务干部里的蛀虫利用职权乱退税，以权谋私，所以，未入库的税款是根本走不了退税流程的。
第三步，终审。
前两步骤都是税务局在完成，而这第三步的终审并不是税务局在操作，而是人民银行的金库管理部门在审核。
一些对财税工作不太了解的人可能一直都以为，纳税人去税务局交税，都以为把钱交到税务局的账户上去了，其实税务局是没有专门的收税账户的，纳税人交的税款直接就划转到当地人民银行的国库去了。所以，一旦发生退税，都是税务局审核完毕后再资料递交的人民银行的国库再审核的，只有人民银行国库同意退税，这钱才能退到纳税人的账户上去。
看到这儿，想必你也大概了解了退税审核是多么的严格，你问题中提到的事情根本不可能发生。
