新冠病毒（COVID-19）疫情爆发以来，关于该病毒的源头一直存在较大争议。美媒称，疫情在加州存在的时间很有可能追溯到去年12月。
美国加利福尼亚州于3月19日进入紧急状态。
《洛杉矶时报》近日报道，加利福尼亚州圣克拉拉县的县长（County Executive）、医学博士杰夫·史密斯（Jeff Smith）在上周末的简报会上说：“病毒一直在我们社区肆意传播，可能已经存在了相当一段时间。”
史密斯表示，美国联邦疾病控制和预防中心（CDC）、本地卫生部门以及其他机构所收集的数据显示，疫情（在本地的）存在时间“比我们最初想象的要长得多”，很有可能追溯到2019年12月。
根据约翰斯·霍普金斯大学提供的疫情走势图，全美范围内3月中旬开始出现疫情暴发。而斯坦福大学和CDC的最新研究则显示，旧金山湾区的新冠病毒是2月下旬以来迅速传播的：斯坦福大学4月7日公布的研究报告显示，其1月1日至2月26日收集旧金山湾区2,888份病人样本，阳性率为0.07%；CDC 4月3日公布的数据显示，其3月5日至14日从圣克拉拉县四个紧急护理中心抽取的226名咳嗽发烧病人的样本中，约8%被检测出新冠病毒。
史密斯上周末的推测则将新冠疫情在加州地区的传播时间又向前推了一步。
至于之前为什么没有意识到这点，史密斯解释称道，当时美国正处于严重的流感季。“（新冠肺炎）症状很像流感，如果你是轻症患者，你不会意识到，甚至也没有去看医生。医生或许也不会注意，因为他们也觉得这是流感。”
史密斯称，“当卫生部门试图追踪疾病源头时，我们无法找到具体的某个接触者。这意味着病毒已经在社区中传播，而不是像CDC怀疑的那样，只在中国（传播）或只通过从中国回来的人传播。”
科学家追踪COVID-19家族树
国际知名的学术期刊《美国科学院院报》（PNAS）发表文章“Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes”。论文由来自德国和英国的研究团队共同撰写，第一作者为英国剑桥大学的彼得·福斯特（Peter Forster）博士。
福斯特介绍，此次研究目的是为了确定“原始病毒类型”。
因为有太多的快速突变，传统手段很难清晰地追踪COVID-19家族树，研究人员专门使用了一种“数学网络算法”技术。此前，该技术主要用于分析DNA以绘制史前人类种群活动图。这是其第一次被用来追踪冠状病毒的感染途径。
研究人员分析了自2019年12月24日至2020年3月4日期间从世界各地采集的160个新冠病毒（SARS-Cov-2）基因组的数据，发现了三个主要SARS-Cov-2变体，并根据氨基酸变化不同将其命名为A、B和C型。
其中A型病毒与蝙蝠及穿山甲体内发现的冠状病毒最为接近，为原始病毒类型，B型衍生自A型，C型衍生自B型。此外，三类变体在全球的分布范围不同，差异极大。A和C型多发现于欧洲人和美国人中，B型是东亚最常见的类型。
福斯特说，在武汉疫情明显时首先被发现的一个基因组是B型病毒。研究人员当时误以为B型是原始病毒，但事实并非如此，A型才是原始病毒 ，当时在武汉只是少数，不过B型之后成了武汉疫情暴发期间的主要病毒类，并且进一步突变为C型。
研究发现，感染A型的样本将近一半来自东亚以外地区，主要位于美国和澳大利亚，且三分之二美国样本感染的是A型。此外，A型虽然最早出现在武汉，但武汉只有极少的感染病例。有些曾在武汉生活过的美国人被发现携带A型病毒基因组。而B型主要分布于中国及东亚地区，亚洲以外的B型基因组都发生了突变。
C型是在欧洲传播的主要病毒类型，在美国和巴西也都有发现；但在中国大陆的感染样本中未被发现，在中国香港、中国台湾、新加坡和韩国皆有分布。
福斯特表示，研究表明新冠肺炎的首例感染病例可能是由蝙蝠传到人，并发生在2019年9月13日到12月7日之间。因此2019年12月24日从武汉采样的病毒基因组根本不能准确地告诉我们疾病的起源。
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