從明朝中後期開始，西方殖民者陸續侵入東南亞，在爭搶香料、開拓殖民地的同時，也開始對久居此地的華人進行迫害，乃至屠殺。在晚明時期，西班牙殖民者曾在菲律賓大肆屠戮華人，遇難者數萬人，然而當消息傳回國內後，萬曆帝並未對同胞的悲慘遭遇表示同情，亦未嚴懲西班牙，而是說了一番無情冷血的話，令國人為之寒心。這究竟是怎麼回事呢？
在菲律賓從事貿易的華商
早在西班牙殖民者入侵菲律賓之前，大量的中國移民便已經遷居至此，並憑藉著聰明勤奮、吃苦耐勞，得以在當地發財致富。到1602年時，菲律賓華人總數已增至四萬餘人，而西班牙殖民者僅有二千多人。西班牙殖民當局雖然對華人的強勢存在深感憂慮，但懾於明朝的實力，一時間還不敢輕舉妄動，直到被接連發生的3件大事所刺激，才堅定他們的排華意圖。
1574年，大海盜林鳳被明朝擊敗後，率眾渡海進攻呂宋島，意圖在菲律賓建國。雖然最終擊退林鳳的進犯，但西班牙殖民當局卻開始猜忌當地華人，認為他們在暗中支援海盜集團。1593年，菲律賓總督達斯馬里納斯在遠征摩鹿加群島期間，因虐待船上的華工潘和五等人而被刺殺，更堅定了西班牙人對華人的敵視。在這種情況下，殖民當局開始煽動排華浪潮。
進攻菲律賓的西班牙殖民者
就在這危急、微妙時刻，貪財如命的明神宗（萬曆帝）聽信妄人張嶷的說法，認為呂宋島上的機易山盛產金豆，若能派人進行開發，將獲得難以估量的收益。因此，萬曆帝斷然拒絕群臣的勸諫，命令福建巡撫徐學聚辦理此事。徐學聚力爭無果，只好派遣海澄縣丞王時、百戶幹一成等人，跟著張嶷一同前往呂宋島勘察，時在萬曆三十一年（1603年）。
王時和一行人到達呂宋島後，經過向當地華人求證，發現根本沒有“金豆自生”的機易山，張嶷所說純屬胡言亂語。王時和等人自討沒趣，隨即回國覆命（詳情見《東西洋考·卷五》）。雖然該事件極度荒唐，並以戲劇性結局收場，但西班牙殖民當局卻堅持認為，明朝此舉意在刺探情報、聯絡華人頭目，以便為將來吞併呂宋島的軍事行動做準備。
大侖山慘案
在被迫害妄想症的驅使下，同年10月，西班牙殖民當局對聚居在馬尼拉的華人展開大屠殺，並用大炮將華商的聚居地“澗內”轟為平地，迫使華人紛紛逃往大侖山避難。然而大侖山的華人由於缺衣少糧，很快便陷入大飢餓當中，最終只能鋌而走險，冒死進攻馬尼拉。然而，面對殖民軍優勢火力，僅以血肉之軀與之對抗的華人很快敗下陣來，遇難者多達2.5萬人，而僥倖存活下來的不過300人而已。
雖然西班牙殖民者嚴密封鎖消息，但依然有部分華人成功地逃出呂宋島，並將消息傳回國內。由於擔心明朝會據此採取軍事行動，並對本國實施貿易制裁，因此殖民當局思慮再三後，在次年（1604年）派出使節前往中國“謝罪”，希望能夠獲得萬曆帝的諒解，並繼續維持通商貿易。然而，明朝拒絕西班牙使者進京的請求，只是命令福建巡撫徐學聚接待他。
萬曆帝畫像
徐學聚對海外華人沒有好感，所以聽取完西班牙使節的“解釋”後，在呈遞給朝廷的奏摺中，肆意抹黑遇難的華人，妄稱他們全是為非作歹的奸徒，被殺純屬咎由自取。受到徐學聚奏摺的“誤導”，萬曆帝雖然命令徐學聚對西班牙殖民當局提出抗議，並將張嶷梟首示眾，但在隨後頒佈的《諭呂宋檄》後，卻完全暴露出自己的本性。
在這篇檄文中，雖然萬曆帝一開始也宣稱“爾呂宋部落無故賊殺我漳、泉商賈者至萬餘人”，實屬嚴重罪行，但考慮到對方認罪態度較好，況且“海外爭鬥，未知禍首；又中國四民，商賈最賤，豈以賤民，興動兵革?”（見《諭呂宋檄》）竟然為對方的暴行進行辯解。不僅如此，萬曆帝還做出莊嚴承諾，明朝不會對菲律賓採取軍事行動，也不會斷絕跟西班牙之間的貿易往來。
明朝與西班牙進行貿易
檄文發佈後，不僅海外華人為之大失所望，就連國內的有識之士都為之寒心。反觀西班牙殖民者，則在逃避明朝的懲罰後，無不歡呼雀躍，並更加堅定他們繼續迫害華人的決心。崇禎十二年（1639年），西班牙殖民者再度對華人實施大屠殺，遇難者同樣多達數萬人。經過兩次大浩劫後，在菲律賓的華人數量急劇減少，地位也為之下滑。
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